Одновременно шла эвакуация из прифронтовой полосы населения. 5 июля 1941 г. СНК СССР принял постановление «О порядке эвакуации населения» и утвердил Положение об эвакуационном пункте (см. Эвакопункт). Специальные эвакуационные комитеты определяли контингенты эвакуируемого населения (дети, семьи командиров Красной Армии, советских и партийных работников, рабочие и служащие предприятий и учреждений и пр.) и его количество, места размещения людей, предприятий и учреждений, количество и вид потребного транспорта, жилье и работу для эвакуируемых и площадки для предприятий, количество продовольствия в местах эвакуации и карточек для его получения и пр. Накануне отъезда эвакуируемым под расписку вручались повестки с указанием номера поезда и вагона, количества багажа. На руки выдавались особые эвакокарты. Хотя из зоны боевых действий уходило огромное количество людей, самовольная эвакуация в принципе не допускалась как из опасения проникновения в тыл диверсантов и шпионов под видом эвакуируемых, так и ввиду необходимости централизованного обеспечения людей жильем и снабжения нормируемыми карточками продовольствием и промышленными товарами: стихийность привела бы к хаосу. Однако и официальная эвакуация, особенно в первые недели, в условиях неразберихи и паники зачастую проводилась бессистемно, а то и бессмысленно, с характерным головотяпством. Так, летом 1941 г. была предпринята эвакуация из Ленинграда детей; их вывозили со школами, детскими садами и детскими домами, жактами и учреждениями, отрывая от матерей, вывозили иной раз в места, вскоре подвергшиеся оккупации, поселяли в крестьянских избах; уже в пути начались массовые заболевания, и множество детей погибло, а другие навсегда потеряли родителей. Матери стали догонять и забирать детей обратно. Всего в течение месяца было вывезено 300 тыс. детей. В то же время взрослых, совершенно не нужных в прифронтовом (а потом и блокированном) городе – стариков, домохозяек, ученых-гуманитариев и т.п. – не эвакуировали, чтобы не создавать «пораженческих настроений»; эвакуация уцелевшего ненужного населения началась зимой по Ладожскому озеру, с большими потерями. В начальный период войны в западных областях местное руководство нередко самовольно «эвакуировалось», занимая транспорт под свои семьи и имущество и бросая на произвол судьбы население. Поезда с эвакуированными шли медленно по забитым эшелонами дорогам, так что переезд тянулся неделями; эвакуируемые, нередко ехавшие в кое-как приспособленных теплушках и баржах, плохо снабжались продовольствием, питьевой водой, не имели надлежащего медицинского обслуживания. Из-за неразберихи эшелоны иногда попадали не туда, куда направлялись, так что заводское оборудование и коллективы рабочих оказывались в разных местах. Обеспечение эвакуированных жильем шло за счет уплотнения местного населения, централизованного строительства временных бараков, полуземлянок и даже землянок; приспосабливались также различные нежилые постройки. Всего было эвакуировано до 1 февр. 1942 г. железнодорожным транспортом 10,4 млн чел., 2 млн перевезены водным транспортом; еще 8 млн перевезены на новые места во время второй волны эвакуации. История эвакуации населения крайне плохо изучена, и даже не приведены в известность все документы.

Во время боевых действий специальными эвакопоездами из прифронтовой зоны в тыловые госпитали эвакуировались также тяжелораненые.

Во второй период Великой Отечественной войны при отступлении немецкой армии германской администрацией проводились массовые (по планам – поголовные) эвакуации мирного трудоспособного населения из зоны боевых действий, на деле получившие форму депортации.