А вот что рассказал об аресте своим детям сам Эйтингон спустя много лет (пересказ дочери Эйтингона Музы Малиновской):

«Вернувшись в Москву, он и его сотрудники направились к себе в управление. Какое-то время генерал провел в своем кабинете: ему нужно было написать отчет. Потом он позвонил жене и сообщил, что едет домой. Когда он вышел на улицу, то заметил, что за ним ведется слежка. Он был слишком опытным разведчиком, чтобы не понять, что стал объектом наружного наблюдения советской контрразведки. Цель ее была генералу ясна; он побродил по Москве, делая петли и меняя маршруты, и вскоре понял, что ему не уйти от преследования. Тогда он принял решение вернуться назад в управление. Он не хотел, чтобы его арестовали дома, — боялся, что пришельцы напугают детей: четырехлетнюю Музу и семилетнего Леонида.

В кармане у него были деньги, которые предназначались на нужды семьи. Он зашел к одному из своих приятелей и оставил деньги ему — для передачи жене, и только после этого вернулся на Лубянку. Там его уже ждали…»

Продолжая дальше свой рассказ, Муза Малиновская подчеркнула: «Детям сказали, что отец находится в командировке, для нас это было нормальным объяснением: ведь он так часто уезжал. Правда, на этот раз командировка, похоже, затянулась, но все же его отсутствие не воспринималось как что-то из ряда вон выходящее. Теперь мы понимаем, в каком постоянном страхе, скрываемом от нас, жила наша мать: ведь она узнала, что отец в тюрьме».

Эйтингону было предъявлено обвинение в том, что он якобы обучал врачей-заговорщиков ведению террористических действий против Сталина и членов советского правительства. Ордер на его арест подписал заместитель министра МГБ генерал-полковник Гоглидзе.

Полтора года генерал Эйтингон провел в тюрьме, ожидая расправы. Виновным себя ни в чем не признал.

Судоплатов пытался спасти своего друга и соратника, пользуясь любой возможностью. Однако решить этот вопрос мог только Сталин. В феврале 1953 года Судоплатов был вызван в Кремль на совещание к Сталину и намеревался воспользоваться этим. Но в ходе беседы Сталин напомнил Судоплатову о провале, который имел место при проведении одной из операций за границей в период Великой Отечественной войны, после чего Судоплатов понял, что об Эйтингоне в этой ситуации лучше не напоминать.

Из тюрьмы Наум Эйтингон вышел только после смерти Сталина — 20 марта 1953 года. По распоряжению Берии он был восстановлен в органах государственной безопасности и в партии, ему возвратили все правительственные награды.

Дети Наума Исааковича Муза Малиновская и Леонид Эйтингон в книге «На предельной высоте», посвященной воспоминаниям о своих знаменитых родителях, касаясь этого периода, рассказывают:

«После смерти Сталина, став главой расширенного министерства внутренних дел, Берия распорядился прекратить дела обвиняемых в «сионистском заговоре» и «участии в планах захвата власти Абакумовым».

Когда Эйтингона в очередной раз вызвали на допрос к следователю, он, к своему удивлению, увидел на месте следователя двух генералов: Кобулова и Гоглидзе. Так как Кобулов был уволен из органов несколько лет назад, его присутствие здесь, да еще в генеральском мундире, очень о многом сказало Эйтингону. Он понял, что в стране произошли перемены и что Берия, скорее всего, стал руководителем секретной службы страны.

И все же вопрос, который был ему задан, немало его удивил. Он ждал только худшего, а его спросили, будет ли он служить в органах и дальше, как только его выпустят из тюрьмы. Хотя Эйтингона мучила язва желудка, обострившаяся в тюрьме, от службы он никогда не отказывался. Он твердо сказал, что готов служить Родине.

Тогда разговор перешел в другое русло. Ему сообщили, что Сталин умер и Берия теперь назначен главой нового министерства внутренних дел, в которое влилось и министерство госбезопасности.