Дружное заступничество московских бояр за выходца из тверской знати вполне объяснимо: Холмский уже давно жил в Москве и успел породниться с местной аристократией. Он был женат на дочери князя И. И. Заболоцкого – внука знаменитого московского боярина Ивана Всеволожского, ослепленного по приказу великого князя Василия II в 1433 году. Три сестры жены князя Холмского были замужем за виднейшими московскими боярами – С. В. Ряполовским, С. Б. Булгаковым и И. В. Булгаком Патрикеевым (родным братом известного воеводы Даниила Щени). Одна дочь Холмского была замужем за боярином И. В. Ховриным, другая – за родным братом Ивана III князем Борисом Волоцким.

Осенью 1477 года Иван III вновь двинул огромное войско на Новгород. На сей раз он надеялся покончить с его вечевым строем и взять город под свою руку. С великим князем в поход отправились его братья Андрей Меньшой, Андрей Большой и Борис, касимовские татары во главе с царевичем Даньяром и ратники из многих русских городов. Путь Ивана III лежал через Волоколамск, Лотошино, Микулино городище, Торжок. Тверской князь Михаил Борисович приказал своим боярам сопровождать московское войско на его пути через тверские земли. Пробыв четыре дня в Торжке, Иван двинулся на Вышний Волочек, а оттуда пошел между торной Яжелбицкой дорогой и рекой Метой в сторону Новгорода. Здесь же, по левому берегу Меты, он приказал идти и полку, который возглавлял князь Холмский. В состав этого полка входили лучшие силы Ивана III – московские дворяне ("дети боярские"), а также владимирцы, переяславцы и костромичи.

Приблизившись к Новгороду, Иван III в местечке Полины определил боевой порядок своего войска. Передовой полк, авангард армии, он поручил брату, князю Андрею Меньшому. Не будучи вполне уверенным в военных способностях Андрея, Иван послал ему своих воевод – князя Холмского с костромичами, Федора Давыдовича с коломенцами, И. В. Оболенского с владимирцами.

Однако новгородцы не собирались сражаться с Иваном III в "чистом поле". Убедившись в том, что город придется брать длительной осадой, Иван послал вперед наиболее расторопных воевод, поставив им задачу: помешать новгородцам сжечь все пригородные села и монастыри и тем самым оставить москвичей без крова и без средств для "примета" к крепостной стене во время штурма. Этим делом поручено было заниматься воеводам передового полка, в том числе и Холмскому. Основной базой передового полка избрано было село Бронницы, расположенное на левом берегу реки Меты, верстах в двадцати восточнее Новгорода. Примечательно, что в перечне воевод передового полка летописец неизменно первым называет Холмского: он то и был главным руководителем этой важнейшей части московского войска.

Из Бронниц передовой полк вскоре был направлен к самым стенам Новгорода. Вместе с другими силами он принял участие в окружении города. Маневр был выполнен стремительно и четко: московские воеводы прошли по льду озера Ильмень и в ночь с 24 на 25 ноября 1477 года почти одновременно внезапным нападением захватили княжескую резиденцию Городище близ Новгорода и все пригородные монастыри. Город оказался в кольце блокады.

Захватив монастыри, московские воеводы превратили их в свои штаб квартиры. Холмский расположился в Аркажском монастыре, на южной окраине Новгорода. Сам Иван III стал лагерем в Троицком Паозерском монастыре. В середине января 1478 года, не выдержав московской блокады, новгородцы приняли все условия, выдвинутые "государем всея Руси", Отныне новгородская феодальная республика превращалась в одну из областей Московского государства. Управление Новгородом и его областями – "пятинами", должны были осуществлять московские наместники.