Биография князя Даниила, как, впрочем, и многих других военачальников той эпохи, может быть представлена лишь сохранившимися в источниках скупыми сведениями об их назначениях и походах. Живое лицо человека и даже степень его личного участия в военных операциях чаще всего скрыты за стеной молчания летописей. Князь Даниил впервые появляется в источниках в 1457 году, когда вместе с дядей, И. Ю. Патрикеевым, и старшим братом Иваном Булгаком он пожертвовал сельцо в Московском уезде митрополичьему дому. Есть основания думать, что отец Даниила князь В. Ю. Патрикеев умер в молодости. Вероятно, воспитанием племянника занимался его дядя – И. Ю. Патрикеев, один из виднейших московских бояр последней трети XV века.

Даниил Щеня явно не принадлежал к числу временщиков, стремительно возносившихся из безвестности и так же внезапно исчезавших во мраке застенка или "молчательной кельи" дальнего монастыря. Он шел к славе путем медленного и неприметного восхождения по лестнице собственных заслуг и достоинств. И потому мы вновь встречаем его в источниках лишь 18 лет спустя, да и то в скромной роли одного из "бояр" – в широком смысле этого слова – свиты Ивана III, сопровождавшей его во время мирного похода в Новгород в 1475 году. После этого он вновь надолго уходит в неизвестность. Лишь в 1488 году Даниил является на исторической сцене, но опять таки в качестве второстепенной фигуры. Известно, что в числе других знатных лиц он присутствовал на приеме посла, прибывшего в Москву от императора Священной римской империи.

Однако не приходится сомневаться, что Даниил уже в молодости отличился на поле сражения. Об этом косвенно свидетельствует тот факт, что в 1489 году в свой первый отразившийся в источниках поход – на Вятку – Даниил шел уже воеводой Большого полка. Иван III знал цену своим приближенным, и столь ответственное назначение мог получить лишь человек, известный своими полководческими способностями.

Поход на Вятку был далеко не заурядным военным предприятием и имел большую предысторию. Вятская земля в силу своего удаленного и обособленного положения даже во второй половине XV века слабо подчинялась великокняжеской администрации. Московские наместники, иногда там появлявшиеся, конфликтовали с местной знатью как русского, так и удмуртско татарского происхождения ("арскими князьями"). На Вятке царил дух новгородской вольницы, столь сильно ощущавшейся в соседнем Подвинье. Вятчане, как и новгородцы, поддерживали галицко звенигородских князей в их борьбе с Василием Темным.

Первая попытка Василия Темного подчинить Вятку была предпринята в 1458 году и оказалась неудачной. Но уже на следующий год из Москвы было послано новое войско, которым командовал князь Иван Юрьевич Патрикеев – родной дядя Даниила Щени. Вторым воеводой был в этом походе князь С. И. Ряполовский. На стороне москвичей выступили против Вятки и устюжане.

Московские воеводы взяли вятские городки Котельнич и Орлов, осадили столицу края – Хлынов (современный город Киров). В итоге вятчане покорились Василию Темному "на всей его воле", то есть безусловно и безоговорочно. Однако, когда войска ушли, ситуация на Вятке вновь осложнилась. Местная знать разделилась на "московскую" и "антимосковскую" партии. Первая из них, поддерживая "государя всея Руси" Ивана III, высылала отряды вятчан для участия в ряде его походов – на Новгород, Пермь и Югру. В тяжелом для Москвы 1471 году вятчане совершили смелый набег на столицу Золотой Орды – Сарай. "Антимосковская" партия, напротив, выступала за полную самостоятельность Вятки. Бояре, принадлежавшие к этой группировке, были организаторами ряда набегов на северные владения великого князя.