В настоящее время ученые не могут окончательно решить вопрос о происхождении вепсского этноса. Полагают, что вепсы обособились от прочих финских племен, вероятно, во 2-й половине I тыс. н. э., а к концу этого тысячелетия расселились в юго-восточном Приладожье. Курганные могильники X-XIII вв. можно определить как древневепсские.

Наиболее ранние упоминания вепсов относятся к VI в. н. э. остготским историком Иорданом, который пишет о племени вас (не от них ли королевское имя шведов Васа?). Арабская историческая традиция, начиная с Ибн Фадлана (X в.), упоминает этноним вису. Русские летописи с XI в. называют этот народ весью/вси. Русские писцовые книги, Жития Святых и другие источники чаще знают древних вепсов под именем чудь.

В межозерье между Онежским и Ладожским озерами (на своей основной этнической территории) вепсы жили с конца I тысячелетия, постепенно перемещаясь на восток. Некоторые группы вепсов покидали межозерье и сливались с иными этносами, например, в XII-XV вв. вепсы, проникнувшие в районы севернее реки Свирь, стали частью карельского этноса — людиками и ливвиками (ливами, частью предков латышей). В отличие от них северные вепсы являются потомками более поздних переселенцев, не смешанных с карелами.

Миграции вепсов на северо-восток — в Обонежье и Заволочье — привели к возникновению вепсских групп, совокупность которых в русских исторических источниках названа заволочской чудью, а в скандинавских и англо-саксонских письменных памятниках отдельные такие группы получили название биармии — пермь. Наиболее восточные из этих групп приняли участие в формировании западных коми. Остальные были ассимилированы в ходе московской колонизации.

К середине IX в. вепсы представляли из себя большой и достаточно сильный народ Восточной Балтики. У них, помимо Ладоги, где в принципе жили шведы (русы), фризские и бодричанские купцы, была и непосредственно своя столица — Белоозеро на Белом озере. Надо сказать, что вепсы боготворили озера и селились именно по их берегам. У вепсов принято было спрашивать не из какой ты деревни или города, а с какого озера.

Как пишет летописец, в 860 г. к Рюрику пришли послы чуди, словен, кривичей и вси. Конечно, речь в летописи идет не о разношерстной толпе, а о постепенном последовательном вступлении в Полабскую (датско-шведскую) Русь славянских жителей Полабья, западных балтов Пруссии (Порусья) кривичей, поклонявшихся криви — змее, а затем и их восточных соседей финнов-вепсов, также их западных братьев чудь — предков эстонцев. Чудь и весь долгое время оставались единым народом. До 1917 г. вепсы официально именовались чудью. Древнейшее самоназвание вепсов «вепся» в XX в. почти не фиксируется. Этноним «вепсы» распространился уже в современное время. В бытовой русской речи употреблялись названия «чухари», «чухонцы», «кайваны», которые часто имели пренебрежительно-уничижительный оттенок.

Кажется, именно вепсы стали инициаторами отправки послов на остров Рюген к сеньору (сэру) Рюрику Людбрандссону Трувару, принявшему во младенчестве крещение у франков в Майнце вместе со старшим братом Харальдом в 825 г. Остров Рюген — фамильная резиденция Рюрика и один из главных центров руссов — славился у вепсов. Еще няня Пушкина Арина Родионовна, будучи сама из народа вепсь, рассказывала будущему поэту легенды об острове Буяне (Руян — он же Рюген), где из моря выходят тридцать три богатыря в кольчугах. Тридцать три викинга — это как раз полный боевой состав (по пятнадцать человек у каждого борта плюс рулевой и капитан с помощником) небольшой речной гребной ладьи, на которых русы Рюгена и Швеции спускались по извилистым рекам страны Вепсь.

Известно, что первая жена киевского князя Ингвара (Игоря) Хельга (Ольга) была вепска из вепсского села Выбушского. Ее, красивую девушку, увидел под Псковом во время сбора дани или охоты Олег (Хельг) и привез в качестве жены созревшему к 903 г.