Увы, с усилением Московского княжества великие времена славного народа вепсов, похоже, закончились. Вепсам выпала та же печальная участь, что и их единоплеменникам марийцам-черемисе, эрзянам, муроме, мещере и мере. Правда, в летописях нет упоминаний о войнах московских князей с вепсами, но если даже такие и были бы, то во времена Екатерины Великой такую информацию уж точно бы изъяли из хроник. Труднее было скрыть, к примеру, войны Ивана IV (Грозного, а правильней — Ужасного) с черемисой, ибо это время было не столь уж давнее. Но о войнах и конфликтах внутри Московского княжества XIII-XIV вв. историкам ничего не известно. 

 Точное количество вепсов впервые решили подсчитать в 1830-е гг… Насчитали 15 617 человек, что было втрое меньше реальной цифры, ибо в перепись не вошли ни карельские, ни эстонские вепсы. Точно лишь известно, что к началу XX в. от былого величия остался лишь 25-тысячный народ, проживающий в пограничных уездах Олонецкой и Новгородской губерниях, плюс еще 7000 карельских вепсов.

Первый этап национального возрождения вепсов пришелся, как и у многих народов бывшей Российской империи, на 1920 - 1930-е гг. Вепсы получили письменность, школы на родном языке, учителей, руководителей и даже ученых из своей среды. Но из-за политических разногласий между карельским и ленинградским руководством единая автономия для них не была создана, а вепсская земля оказалась разделенной между Карелией и Ленинградской областью. Для вепсов в этих регионах были созданы национальные районы и сельсоветы.

В печально знаменитом 1937 г. все было ликвидировано: письменность, учебная литература, вепсские районы и сельсоветы утратили статус национальных, интеллигенция репрессирована. Сталину не был нужен этот народ. Часть территории была передана в Вологодскую область (город Вологда (как и река Волга) тоже вепсский с вепсским же и названием в честь бога Вола/Вала (Валаам), которому поклонялись финны с незапамятных времен). В итоге вепсская территория с тех пор разделена между тремя регионами. А со временем внутри их, и не без умысла советских властей, территорию вепсов, как и земли персидских курдов после Второй мировой войны, поделили между семью районами. В каждом районе вепсские поселения стали окраинными и поэтому в период так называемой ликвидации неперспективных деревень первыми подверглись переселению.

Численность вепсов за 50 лет — с конца 1930-х гг. до конца 1980-х гг. — сократилась в 4 раза, до 8000 человек. Так стремительно в СССР не исчезал ни один народ. Конечно, не считая тех финно-угорских народов, которые к этому времени уже совсем исчезли — мурома, меря,  мещера… Но сокращение вепсов происходило по-разному в различных регионах. В Карелии вепсское население уменьшилось только на треть, в Ленинградской области в три раза, а в Вологодской — аж в семь раз.

Кроме ликвидации вепсских деревень в Ленинградской и Вологодской областях, там при проведении переписей в 1970 и 1979 гг. вепсов стали насильно записывать русскими, а при смене паспортов им заменяли национальность на русскую, объясняя, что такой национальности, как вепс, нет в официальном списке. В годы перестройки перепись 1989 г. вернула вепсов на свои исконные места проживания, соответственно численность их возросла до 12 000 человек.