В Италии инквизиция первоначально обрела большую силу. Ее оплотами стали Рим, а также Флоренция. Было и там немало ревностных преследователей еретиков, в том числе Петр Мученик и Райнерио Саккони.

Но в Италии суть конфликта не сводилось к борьбе за твердость католической веры, так как он там осложнялся политическим противоборством между двумя партиями — гибеллинами и гвельфами. Гибеллины стояли за господство в Италии германских императоров, а гвельфы желали независимости Италии и верховенства в ней папского престола.

Петр Мученик способствовал воцарению гвельфов во Флоренции, а значит, инквизиция могла действовать там свободно. Но он так фанатично делал свое дело, что был убит разъяренной толпой, по одним сведениям в Милане, по другим — в Комо. Впоследствии его провозгласили святым патроном инквизиции.

Райнерио Саккони в юности принадлежал к катарам и даже стал одним из их пресвитеров. Но, говорят, познакомившись с проповедями Петра Мученика, этот человек оставил свою секту и стал доминиканцем. Пойдя по стопам Петра, он стал инквизитором в Ломбардии и также навлек на себя ненависть местных жителей. Убить его не удалось, но Райнерио был настолько непопулярен, что сочли за благо удалить его в изгнание. Перед этим папа Александр IV послал войска против двух гибеллинских государей, Уберто да Палавичино и Эччелина да Романс, и последние потерпели поражение, а в их владениях ввели инквизицию.

Венеция отказалась учредить у себя инквизицию, и туда стали стекаться беглецы из других государств. Вскоре папа потребовал покончить с этим, и власти Венеции сочли за благо не идти на конфликт. Правда, там инквизиция подчинялась городским законам, и имущество, конфискованное у еретиков, поступало в городскую казну, а это ослабляло рвение инквизиторов.

Карл Анжуйский, захватив Неаполь, создал там инквизицию, но дал понять, что там она будет под контролем государства, что также ограничило влияние папства.

Однако в Италии инквизиция имела более прочные корни и действовала более продолжительный срок, чем во Франции. Даже в 1448 г. был организован крестовый поход против еретиков. Но он не имел успеха, и вальденсы продолжали процветать в горных районах. Инквизиция в Италии была все же ослаблена из-за противодействия населения, из-за побегов из районов, ею контролируемых, а также из-за позиции светских правителей, как, например, в Неаполе или Венеции.

Чем дальше от Рима, тем труднее было устанавливать власть инквизиции, особенно в странах к востоку от Италии. Еще в 1298 г. Бонифаций VIII безуспешно пытался ввести в этих регионах инквизицию. В 30-х гг. XIV в. доминиканцы повторили попытку, но она также не увенчалась особым успехом.

В 1432 г. Евгений IV отправил в Славонию своего эмиссара делла Марка, ревностного преследователя еретиков в Италии. Тот добился некоторых успехов, но был отозван в связи с тем, что его помощь срочно потребовалась в самой Италии. Дальнейших попыток учредить инквизицию в Славонии больше не предпринималось.

В Чехии первые инквизиторы появились в 1318 г., но после трагедии с Яном Гусом на инквизицию там смотрели очень подозрительно, а отдаленность от Рима заметно снижала эффективность ее деятельности.

Ян Гус, родившийся в 1371 г., окончил Пражский университет и был его ректором. Он находился под влиянием идей англичанина Джона Виклифа, преподававшего в Оксфорде, который отрицал ряд католических обрядов и был очень популярен благодаря своим смелым идеям. Ян Гус перевел работы Виклифа и стал их распространять.