Король, почувствовав, за собой поддержку, послал Гильома де Ногаре к Бонифацию, находившемуся в то время в родном городке Ананьи, жители которого относились к папе с благоговением и даже, чтобы продемонстрировать преданность ему, протащили по пыльной земле знамя королевской Франции. Гильом решил прежде всего заручиться поддержкой врагов Бонифация в Риме, семьи Колонна, щедро заплатив им за услуги. Больше всего в этой семье ненавидел Бонифация Сциарра Колонна, который прежде был захвачен в плен пиратами и мог бы быть освобожден, если бы открыл свое имя, а пираты обратились бы к папе с требованием выкупа. Но Колонна из гордости отказался от обращения к врагу. В дальнейшем ему удалось бежать. Сциарра с удовольствием присоединился к Гильому, и во главе отряда своих сторонников они въехали на конях в городок, крича: «Смерть Бонифацию! Да здравствует Филипп Красивый и французское знамя!»

Простые горожане испугались, решив, что к ним нагрянуло французское войско, и забаррикадировались в своих домах, забыв об обещаниях защитить папу римского, оставив его лицом к лицу с врагами. Колонка потребовал, чтобы папа немедленно отрекся.

Бонифаций отказался это сделать, заявив: «Меня предали, как Христа. Может быть, я умру, но умру папой римским».

Семидесятипятилетний старик держался перед врагами с достоинством, облаченный в плащ св. Петра, в Константиновой короне, с ключами и крестом в руках. Колонна готов был убить папу на месте, но Гильом де Ногаре, понимавший всю неразумность этого намерения, Удержал своего спутника. Он заявил при этом, что папа «должен благодарить короля Франции за милость», которую тот оказал Бонифацию через Гильома, защитив его от угрозы убийства..

Затем французы посадили папу под арест. Через три дня горожане, устыдившись своего отступничества, вышли на улицы. Они убедились, что неприятельской армии вовсе нет, а в город вошла только кучка иностранцев. Толпа горожан направилась к дому, где содержали папу, и освободила его. Он страдал от голода и жажды, и добрые люди давали ему хлеб и вино и кричали: «Да здравствует его святейшество!»

Но этого испытания Бонифаций не перенес. По прибытии в Рим он сразу тяжело заболел. Одни объясняли его болезнь лихорадкой, другие утверждали, будто он «лишился рассудка от ярости» (возможно, последняя версия была выдумана врагами папы). Бонифаций скончался в Риме 11 октября 1303 г. Он пытался идти по стопам Иннокент тия III, но не учел, что со времен последнего прошло почти сто лет, и за это время власть светских государей усилилась в ущерб папской власти. Бонифаций ушел из жизни, так и не сумев поддержать престиж Святого Престола.

Филипп решил извлечь выгоду из создавшегося положения. Когда был избран новый папа, Бенедикт XI король отправил к нему послов с поздравлениями, но одновременно дал понять, что папа, если желает защиты для себя, не должен пренебрегать властью французского государя. Бенедикт понимал необходимость сохранять мир с самым могущественным европейским монархом; вместе с тем он не мог простить Гильома де Ногаре и тех французов, которые явились к предыдущему папе в Ананьи, послужив фактической причиной его смерти. Также он не мог, как хотел того Филипп, осудить предшественника.

В 1304 г. новый папа издал буллу, отлучающую от церкви тех, кто осмелился совершить преступление против доброй памяти папы Бонифация. Король Филипп на это никак не отреагировал. Однако через месяц Бенедикту принесли корзинку со свежими фигами. Он съел несколько из них и почти сразу после этого скончался. Трудно сказать, наверняка, кто именно был отравителем. Назывались имена Колонны, Гильома и самого Филиппа. Последнее вероятнее всего, так как королю надо было устранить несговорчивого Бенедикта и найти такого папу, который был бы послушен французскому королю.