Во время шествия на «ослята», на котором восседал патриарх, рядом должен был идти, символически придерживая поводья, царь. Петр решительно отказался участвовать в этом обряде.

Но, несмотря на крайне резкие выпады против духовенства, он оставался убежденным христианином. «Петр не был атеистом, напротив, он был, несомненно, человеком верующим, но его религиозность не имела того церковного характера, который был свойственен русскому благочестию времен Московской Руси». «Он уважал Бога, но хотел, чтобы Церковь не вмешивалась в государственные дела и управление страной. Вследствие этого отношения с духовенством были сложными и натянутыми».

Действительно, представляется, что, как всякий смертный, он веровал — в глубине души. Но ему не хватало того величайшего смирения, которое должен проявлять самодержавный властелин, сообразуя и подчиняя свою волю интересам своей страны и своего народа. Сочетая знаменитое «Ндраву моему не препятствуй!» с абсолютной неограниченной властью, он вершил свою волю без оглядки на священное достоинство государя, на православную мораль. Не встречая сопротивления, он развил в себе греховный навык и предавался ему стремительно.

Душа, привычная к греху, отдавалась ему без борьбы.

Патриарх Адриан в жесткой форме осуждал общение царя с иноземцами, приносившими в Россию ереси и «богопротивное» инакомыслие. Вызывали возмущение духовенства и бритье бород, и отказ от традиционной одежды, и курение, и разрешение строить протестантские церкви. В народе распространились слухи, что царя подменили в Немецкой слободе, что на престоле «немец», «швед», «Лефортов сын». Среди раскольников множились разговоры о пришествии Антихриста, о проклятии, наложенном на весь русский народ. Под Новгородом появился старец, говоривший: «Какой он нам, христианам, государь? Он не государь — латыш: поста никогда не имеет; он льстец, Антихрист, рожден от нечистой девицы, писано об нем именно в книге Валаамских чудотворцев, и что он головою запрометывает и ногою запинается, то его нечистый дух ломает, а стрельцов он переказнил за то, что они его еретичество знали… прямого государя христианского, царя Иоанна Алексеевича, извел он же, льстец…»

За такие слова грозила мученическая смерть.

Первым шагом Петра по ограничению власти Церкви стало образование Монастырского приказа. Теперь государевы чиновники должны были навести порядок в обширных церковных владениях. Изъятые доходы монастырских хозяйств были направлены на войну со Швецией. Для этой же цели с церквей снимались колокола, хотя, как выяснилось, из колокольного металла нельзя было отливать пушки.

Государство легализовало существование староверов: им разрешалось исповедовать свою веру при условии уплаты определенного налога.

После кончины Адриана Петр решил «повременить» с выборами нового патриарха и затянул такое положение на долгое время.

Постепенное подчинение Церкви «общей пользе» привело к возложению на белое духовенство некоторых фискальных функций: предоставление сводных отчетов о крещениях и отпеваниях. Это положило начало государственному контролю за рождаемостью и смертностью в стране. Царь сделал также попытку наложить руку на тайну исповеди, обязав верующих исповедоваться по меньшей мере один раз в год под угрозой передачи дела ослушавшихся в суд.

Митрополит Стефан Яворский в 1713 году в присутствии Сената осудил фискальную политику Петра, прибавив к тому прозрачные и укоризненные намеки на образ жизни царя. Это решило судьбу духовенства. Петр не желал ни от кого терпеть критику. Тем более что он нашел единомышленника в лоне самой Церкви в лице одного из самых образованных людей своего времени, Феофана Прокоповича.