Эта забота о личном комфорте свидетельствовала о некоей несогласованности в деятельности членов палаты общин, что представляло опасность для Пима, особенно когда пуритане в палате общин и в Сити, поощряемые шотландцами, практически вышли из-под его контроля. По мнению Пима, момент был неподходящий, чтобы прислушиваться к громким требованиям покончить с епископатом. «Отмена» уже устоявшихся институтов, несомненно, посеяла бы тревогу среди большинства умеренных деятелей. Он был терпелив, прилагая все усилия, чтобы направить энтузиазм пуритан в другое русло. Пусть они обличают римокатоликов, пусть критикуют расплодившееся множество бездеятельных клириков, пусть проведут следствие, откуда в английских церквях появилось такое количество идолопоклоннических образов, и, к примеру, обвинят в этом доктора Косина, который выставил на всеобщее обозрение несколько икон на своем приходе в Дареме. Пусть будет вынесен вотум недоверия тем священникам, которые проповедовали против шотландцев и Короткого парламента. Пусть заставят вице-канцлера Оксфорда доктора Кристофера Поттера, ректора Куинс-колледжа и духовника короля, просить прощения на коленях у палаты общин, потому что он отстранил от служения доктора Генри Уилкинсона из Магдален-Холл за проповедничество. Но, несмотря на Лондонскую петицию и несмотря на Кентскую петицию, принятую в поддержку первой в январе, Пим не позволил обсудить вопрос о епископах.

Наряду с этим вопросом молитвенник тоже находился под его защитой от гнева суровых пуритан. Обе палаты официально выступали за его всеобщее использование по всей Англии, а религиозные собрания не поощрялись. Использование молитвенника и обязательное посещение приходской церкви по воскресеньям было закреплено актом парламента в правление королевы Елизаветы. Поскольку палата общин настаивала, что она должна охранять закон, то не была намерена поступиться этим Елизаветинским актом ради интересов меньшинства, каким бы шумным оно ни было.

Для Пима ситуация была непростой. В то время как шотландцы горячо настаивали на реформе англиканской церкви, он пытался доказать палате общин всю важность представления королю как можно скорее билля о более частых созывах парламента. Интервал в три года вместо одного по старому биллю времен короля Эдуарда III – это был самый большой срок, на который они соглашались. Так называемый Трехгодичный билль прошел через третье чтение 20 января 1641 г. Едва он был передан из палаты общин в палату лордов для его одобрения, как агитация против епископов началась снова, на этот раз в форме петиции от многочисленных пасторов, требующих реформы церкви и жалующихся, в частности, на то, что епископы часто занимают светские должности.

Сам король усугубил ситуацию. На выездной сессии суда присяжных в Лондоне одного из городских клириков судили по закону Елизаветинского времени, согласно которому въезд священника Римско-католической церкви в страну рассматривался как государственное преступление. Обвиняемого звали Джон Гудмен, и он был родственником несчастного епископа Глостерского, в то время его ошибочно считали братом епископа. Отец Гудмен учился в Дуэ для участия в английской миссии и был обречен на мученичество, если бы осмелился приехать в страну. Он был первым, кого судили по этому закону за много лет, и надеялся, вполне понятно, что спасение может прийти только от его величества.