В 1925 году, когда подошло время в очередной раз ремонтировать Казанский собор, община верующих храма решила по возможности вернуть собору прежний облик. Произвести реставрацию предложили тогда уже известному своими реставрационными работами П. Д. Барановскому. Средства на реставрацию давала община.

Барановский начал реставрационные работы с барабана главы собора и восстановления кокошников. Понимая, что работа продлится долго, он, чтобы не портить вида Красной площади, работал без лесов, и Казанский собор преображался, обретая прежнюю красоту, на глазах москвичей.

Но довести реставрацию Казанского собора до конца Барановскому не удалось: в 1930 году храм был закрыт, община распущена. Здание собора было наскоро переоборудовано под жилые коммунальные квартиры.

В конце 1920 — начале 1930-х годов развернулась массовая общегосударственная кампания по уничтожению архитектурных памятников и прекращению всех реставрационных работ. Она сопровождалась шумной агитационной пропагандой: «разоблачали» церковь и попов, «разоблачали» и ученых-реставраторов. «Они, — писал о реставраторах журнал „За коммунистическое просвещение“, — надували советскую власть всеми средствами и путями. Создав вокруг себя „верное“ окружение, они и чувствовали себя в ЦГРМ (Центральных Государственных реставрационных мастерских. — В. М.), как за монастырской стеной. Советская лояльность была для них маской. Они верили, что советская власть скоро падет, они ждали с нетерпением ее падения, а пока старались использовать свое положение… Они всегда говорили с пафосом о чистой науке, о чистом искусстве. Они жаловались на то, что при старом, при царско-поповском строе церковь мешала развернуть по-настоящему научно-исследовательскую работу по древнерусскому искусству. Они были всегда столь возвышенными идеалистами — людьми-бессребрениками! А когда пролетарская власть предоставила им возможность полностью отдаваться науке и искусству… что они сделали, верные сыны буржуазии? Они снова превратили науку в церковь, искусство в богомазню, а все вместе — в обыкновенное церковно-торговое заведение, в монастырь-лавочку». Последнее обвинение было направлено персонально против Барановского, производившего реставрацию Казанского собора на средства общины. Вскоре это же обвинение он услышит на Лубянке.

В сентябре 1933 года П. Д. Барановский и архитектор Б. Н. Засыпкин как члены Комитета по охране памятников при ВЦИК были вызваны к заместителю председателя Моссовета Усову.

«В длительной беседе с ним, — рассказывает П. Д. Барановский, — выяснились две противоположных и непримиримых позиции. Наши аргументы за защиту памятников на основе установок, данных В. И. Лениным, полностью отвергались, и нам с полной категоричностью было заявлено, что Московским Советом принята общая установка очистить город полностью от старого хлама, который мы именуем памятниками и который тормозит социалистическое строительство. По-видимому, для большего убеждения в непререкаемости своей точки зрения и своей мощи, а также в бесполезности какого-либо сопротивления с нашей стороны при нас были вызваны начальник отдела благоустройства тов. Хорошилкин и начальник Мосразбортреста тов. Иванюк и им дано распоряжение немедленно снабдить нас лестницами, веревками и т. п. для того, чтобы произвести обмер и прочую фиксацию храма Василия Блаженного на Красной площади, так как в течение ближайших дней он подлежит сносу».

Барановский сказал Усову: «Это преступление и глупость одновременно. Можете делать со мной что хотите. Будете ломать — покончу с собой». Тогда же он послал соответствующую телеграмму Сталину.

Храм Василия Блаженного не снесли, но 4 октября 1933 года Барановского и Засыпкина арестовали. По статье 58, пункты 10, 11 — антисоветская агитация, организация антисоветской группы — Барановский был осужден на три года лагерей с последующим поражением в правах, в том числе в праве жить в Москве и других крупных городах.