Никон решил отказаться от мира, затворившись в Воскресенском монастыре. Приехавший из Москвы Трубецкой узрел его в грубом рубище и железных веригах, умерщвляющего плоть воздержанием, постом, молитвой и трудами. "Убоялся я того, — объяснил Никон свой отъезд из Москвы, — чтобы мне, больному, в патриархах не умереть; а впредь в патриархах быть не хочу — если захочу быть патриархом, пусть я проклят буду и анафемствован!" На свое место Никон повелел выбрать другого патриарха, пока же благословил ведать церковью митрополита Крутицкого Питирима.

Алексей Михайлович, умиляясь его подвижничеством, согласился оставить за Никоном Воскресенский, Иверский и Крестный монастыри со всеми приписными владениями, в которых работало более шести тысяч крестьян. Чтобы доходов хватало на возведение храма в Новом Иерусалиме, царь отказался взимать с них налоги и оброки. Он то и дело присылал Никону деньги, жаловал братию от своего стола, делал в пользу Новоиерусалимского храма отчисления с Камских соляных варниц. Через год после оставления Никоном престола царь прислал к нему гонца предупредить о татарском набеге и просил укрыться в Макариев Калязин монастырь, имевший крепкие стены. Патриарх ответил резко: "Чем в Калязин идти, лучше мне быть в Зачатейском монастыре, что в Китае-городе в углу!" "Про который святейший патриарх Зачатейский монастырь говорит, что он лучше Калягина монастыря?" — вопросил царский посыльный. "Тот, — ответил Никон, — что на Варварском крестце под горой у Зачатия". "Так там же тюрьма, а не монастырь", — возразил гонец. "Вот и возвести великому государю, — сказал Никон, — что иду в Зачатейский монастырь доложить о своих нуждах".

В Москве он остановился на Иверском подворье и известил царя, что желает беседовать с ним, дать благословение и уйти обратно, как только кончится татарская опасность. Алексей Михайлович и бояре стали совет держать и в первый день Никона во дворец не пустили. Во второй день послали к патриарху думного посольского дьяка Алмаза Иванова спросить, о чем он хочет говорить с государем. Никон отвечать дипломату отказался и благословения царю заочно не дал. Он волновался и ничего не ел до вечера третьего дня, когда после бурных споров во дворце его пригласили к государю. Сопровождаемый толпами народа, ликующего по поводу возвращения архипастыря и отступления крымских татар, Никон прошествовал во дворец. Царь встретил его на переднем крыльце и проводил в палату, где они как прежде говорили о государевой семье, военных делах и душеспасительных вещах. Затем Никон пошел к царице и детям Алексея Михайловича, задержавшись на женской половине часов до четырех ночи в молитвах. Ни единого слова о его возвращении произнесено не было. Отказавшись прийти на утренний пир во дворец, Никон на рассвете покинул столицу, где ему на каждом шагу чудились заговоры.

Никону мнилось, что враги чуть не настигли его в Крестном монастыре на Белом море, где он строил собор Воздвижения и вырубал в диком камне колодезь. Келейник его Феодосий оказался подосланным Крутицким митрополитом Питиримом и Чудовским архимандритом Павлом. Они якобы обещали Феодосию сан митрополита Новгородского, если тот отравит Никона. Злодей был замечен за приготовлением зелья, схвачен и допрошен, собственноручное признание отправлено в Москву с убийцей и его сообщником. На следствии церковные иерархи вышли сухими из воды, казни подвергся один Феодосий. В гневе Никон заявил, что оставил лишь московский престол, но не отрекался от сана патриарха, что все архиереи, поставленные им на свои степени, должны его почитать, а Питирим Крутицкий "седалище архиерея великого олюбодействовал незаконно".