Нищие попы и протопопы, имевшие наглость, как, например, члены кружка ревнителей благочестия, претендовать на церковную истину, вызывали презрение Никона. Нет, решительно заявил патриарх, пастырские полномочия, дарованные Христом своим ученикам, целиком и полностью относятся к архиереям, и никоим образом к попам. Только поповское самочинство, вошедшее в дурную традицию, заставляет людей верить, будто простой священник может отпускать грехи и накладывать епитимию! Как Христос выше апостолов, так патриарх выше архиереев, и как апостол выше мирян, так архиерей превосходит простых попов и протопопов, считал Никон. Потому и заботиться о нуждах наполнявших Россию бедных священнослужителей он не считал необходимым.

Отрицая право суда над духовенством в Монастырском приказе, Никон сам никогда не выслушивал жалобы попов, но поручил прием челобитных и суд мирским служилым патриаршего дома. Он и при архиереях ставил "мирских казнителей церковных", чтобы судебные дела не докучали епископам. Но если ранее наместники назначались светской властью, то Никон прибрал их к рукам, сделал слугами и опорой патриаршего престола. Защищая архиерейские владения и власть, его слуги творили злодейства по всей стране так же, как ссыльный Аввакум ужас что учинял с оказавшимися в его вере над ближними. Непокорные попы и протопопы сиживали на цепи, их били палками, морили холодом и голодом, ломали ноги и кнутами сдирали кожу, урезали языки и жгли в срубах. Сурово наказывал Никон попов-пьяниц, монахов- ленивцев, бесчинных игуменов и архимандритов-казнокрадов, учил дубьем погрязших в бесовских игрищах крестьян, сек распутных жен. Архимандриты, архиереи и царские сановники напрасно надеялись на заступников: патриарх не принимал ни за кого ходатайств. И в алтаре, бывало, клобук с виновного сдирал да своей рукой в ухо бил — эти еще легко отделывались.

Никон был убежден, что не царь Алексей Михайлович вручил ему власть, но благодать Святого Духа. "Да где есть закон и воля Божия, чтобы царю и вельможам его судить архиереев и прочий священный чин и владеть достоянием церковным?! Где есть закон такой и заповедь, чтобы царю владеть архиереями и прочим священным причтом?! Вельми возлюбил царь духовную свою мать — Церковь Божию, только не такой любовью, как Христос. Царь возлюбил Церковь так, как Давид Уриеву жену Вирсавию, и тешится харчем ее со всем своим домом… Все, что собрали прежние архиереи, движимое и недвижимое имущество патриархии, все без всякого страха Божия присвоил царь в потребу себе и сущим с собой, все через божественные законы и заповеди изнасиловал и поработил… Жалованные грамоты Церкви от предков своих упразднил, данные храмам Божиим и святым монастырям в вечное наследие вещи, слободы, села, озера, варницы соляные, леса многие отнял…"

Ведомо "повсюду и всем, — утверждал Никон, — что царь не любит Господа, понеже не хранит заповеди его и учеников его, понеже не любит нас… И если бы любил Бога государь, то любил бы меня… И то правда, что царское величество расширилось над Церковью через все божественные законы и широтой своего орла возгорделось уже на самого Бога. Не на меня единого вознесся царь, но на Бога и закон! Оттого-то мать его… Церковь… плачет, как сирота последняя и вдова обруганная… С Церковью и весь народ славянороссийский православный страдает люто. Государь царь за единое слово правды языки режет, ноги и руки отсекает, в вечное заточение посылает, забыв о смертном часе и не чая суда Божия… Ты, — обращался Никон к Алексею Михайловичу, — всем проповедуешь поститься, а ныне неведомо, кто не постится? Нет хлеба во многих местах, и до смерти постятся те, кому нечего есть; никто не помилован от тебя: нищие и маломощные, слепые, хромые, вдовицы и монахини — все данями обложены тяжкими и неисполнимыми, везде на Руси плач и сокрушение, везде стенание и воздыхание, и нет никого, кто бы веселился в наше время…

Совет Антихриста осуществляется над государством православным, овцы выступают пастырями, ноги притворяются головой, слепцы ведут народы.