Одержав обещанные Никоном победы, несказанно радуясь спасению семьи от эпидемии, уничтожившей значительную часть населения Москвы, Алексей Михайлович почитал Никона как ангела Божия, хранителя его дома, видел в патриархе как бы второе "я", второго великого государя, надежного соправителя. Никон с полным правом заявлял в предисловии к "Служебнику" 1655 г., что Бог даровал России два великих дара — царя и патриарха, которыми строится Церковь и государство. "Следует всем православным народам восхвалить и прославить Бога, яко избрал в начальство и помощь людям сию премудрую двоицу: великого государя царя Алексея Михайловича и великого государя святейшего Никона патриарха, которые праведно преданные им грады украшают и суд праведный творят, всем сущим под ними так же творить повелевая".

Жил царь в Москве или уезжал, оставляя боярина-наместника, наблюдателем над всеми делами был Никон. Решения Боярской думы не принимались иначе, как с его совета, после доклада приказного судьи или дьяка. После утреннего заседания в Думе, услышав звон колокола, возвещавшего об окончании патриаршей службы, сановники толпились у дверей нового каменного дворца Никона. Иноземные духовные лица проходили мимо думных людей, неторопливо беседовали с Никоном и выходили от него. Наконец служитель приглашал того или иного сановника к докладу. Думец входил, сняв шапку и сгибаясь в земном поклоне. Патриарх не оборачивался прежде, чем кончит читать про себя "Достойно есть", возведя очи к иконам, садился в кресло и благословлял пришедшего, который вновь кланялся до земли. Стоя перед патриархом, бояре, имевшие право сидеть с покрытой головой в присутствии царя, докладывали ему текущие дела и получали распоряжения. По окончании приема владыка вновь обращался к иконам и читал молитву, затем благословлял и отпускал посетителя. Никон видел, каких усилий стоит боярам, привыкшим свободно держаться с царем, это показное смирение, и намеренно унижал их, стремясь вытравить греховную гордыню. Он не забывал обид и не прощал малейшего неповиновения. Как было не трепетать перед человеком, который мог заявить, что "ему и царская помощь негодна и не надобна, я на нее плюю и сморкаю!". Не только Никона, но и посланников его страшились больше, чем царских. Величие патриарха казалось неоспоримым.

Круто установил Никон свою власть среди архиереев Русской церкви. Воспитание в трепете перед патриаршим саном начиналось на крыльце его дворца, где митрополиты и архиепископы, архимандриты и игумены, невзирая на погоду, по два и три часа дожидались приема. Никон не считал нужным их выслушивать. Он, не стесняясь в выражениях, делал разносы и давал указания, обязательные для исполнения. И приезжие архиереи не могли считать себя в безопасности от гнева Никона. Он запретил Сербскому архиепископу Гавриилу по традиции именоваться патриархом и кричал на него, архиерей был даже избит патриаршими крестьянами. Русские архиереи поставлялись в сан не иначе, как обещав ни единого дела не решать без патриаршего ведома, под угрозой "лишения без всякого слова всего священного сана". "Отец отцов", "крайний святитель" вводил систему жесткого подчинения, не доверяя способностям и честности своих ставленников, которых среди высших иерархов было большинство. Российские архиереи, считал он, были виновны в тяжком положении Церкви, до вмешательства Никона прислуживавшей властям. Сколько ни бейся с ними — один стар и глуп, другой вообще не ведает, почему он человек. Лишь боясь патриарха, архиереи будут блюсти священное достоинство, не кланяясь и не ища чести у царя и князей.

До монахов и священников у Никона почти не доходили руки. Помня, как не имея денег умолял он принять его в Кожеозерскую пустынь, патриарх отменил вклады в подчиненных ему монастырях.