В суровые времена Николая I органы государственной безопасности — Третье отделение и Жандармский корпус — в основном гонялись за химерами, подчас выдумывая заговоры, где их не было (например, в деле петрашевцев). При Александре II, когда революционная угроза стала реальностью, систему пришлось спешно перестраивать. Кое-что успел сделать граф Лорис-Меликов, преобразовавший «Третье отделение собственной его императорского величества канцелярии» (там было всего 72 сотрудника) в полноценный Департамент государственной полиции, но завершено переустройство было уже при Александре III.

Особенность полицейского государства среди прочего заключается в том, что оно никогда не обходится единой системой безопасности. Они всегда дублируются. Это происходит из-за того, что высшее начальство чувствует потребность перепроверять поступающую информацию и не хочет становиться заложником одной монопольной спецслужбы.

В законченном виде российская структура органов безопасности выглядела следующим образом.

Общее руководство осуществлял министр внутренних дел — вплоть до учреждения в 1905 году должности премьера это был самый влиятельный член правительства, фактически его глава.

Министру подчинялись два мощных ведомства, занимавшиеся борьбой с политической оппозицией: Жандармский корпус и Департамент полиции.

Основной контингент сил безопасности составляли жандармы, считавшиеся военнослужащими и имевшие обычные армейские звания. По всей стране существовали жандармские управления, в ведение которых входило наблюдение за общественными настроениями и нелегальными организациями, расследование государственных преступлений, розыск злоумышленников. Губернаторам начальники управлений не подчинялись и даже не всегда информировали их о своей работе. Отдельно функционировали жандармские органы на железных дорогах, которые представляли собой ключевую инфраструктуру империи и были уязвимы в случае транспортных забастовок или диверсий. Перед революцией в России было в общей сложности 108 региональных и транспортных жандармских управлений, где служили почти пятнадцать тысяч человек.

Если Жандармский корпус можно назвать «телом» системы безопасности, то его «мозгом» являлся Особый отдел Департамента полиции, созданный в 1898 году.

Отдел, поначалу очень маленький, постепенно разрастался и в конце концов объединил работу восьми отделений. Первое ведало охраной высочайших особ, контрразведкой и нереволюционными партиями. Второе — социалистами-революционерами. Третье — социал-демократами. Четвертое — националистами и кадетами (последние считались «полуреволюционерами»). Пятое — дешифровкой и перлюстрацией. Шестое — кадрами. Седьмое — общими вопросами политической благонадежности (что разрешать, а что запрещать). Было еще и восьмое, «особо секретное», для работы с тайной агентурой.

В ЦСА (Центральном справочном аппарате) имелась тщательно разработанная картотека не только по партиям, организациям и кружкам, но и по всем людям, попадавшим в поле зрения тайной полиции — в конце концов там наберется два с половиной миллиона учетных карточек.

На региональном уровне Департамент развернул еще и сеть оперативных управлений — так называемых «охранных отделений». Со временем они приобрели такую известность, что термином «Охранка» иногда стали называть вообще все органы политической полиции, тем более что жандармы, «охранники» и представители Особого отдела часто работали вместе, помогая другу другу или конкурируя между собой.

До 1902 года охранные отделения имелись только в трех главных городах империи — в Санкт-Петербурге, Москве и Варшаве, где требовалась особая бдительность. При самой большой Охранке, московской, существовало спецподразделение «Летучий отряд филеров».