В тот же день управляющим Третьим отделением был назначен бывший глава Особой канцелярии, действительный статский советник М. Фок. Опытнейший контрразведчик, один из умнейших людей своего времени, он фактически осуществлял практическую деятельность спецслужбы. Одна из ее важнейших функций состояла в надзоре за чиновным аппаратом. Данной работе Фок уделял первостепенное значение. Эту свою позицию он так излагал в докладной Бенкендорфу:

«Бюрократия, говорят, это гложущий червь, которого следует уничтожить огнем или железом; в противном случае невозможны ни личная безопасность, ни осуществление самых благих и хорошо обдуманных намерений, которые, конечно, противны интересам этой гидры, более опасной, чем сказочная гидра. Она ненасытна; это пропасть, становящаяся все шире по мере того, как прибывают бросаемые в нее жертвы…».

Скончался Фок 27 августа 1831 года. Узнав о его смерти, А. Пушкин 4 сентября 1831года записал в дневнике:

«…На днях скончался в Пб Фон-Фок, начальник 3-го отделения Государевой канцелярии (тайной полиции), человек добрый, честный, твердый. Смерть его есть бедствие общественное. Государь сказал: «J'ai perdu Fock; je ne puis que le pleurer et me plaindre de n'avoir pas pu I'aimer». Вопрос: кто будет на его месте? важнее другого вопроса: что сделаем с Польшей?»

В 1836 году жандармы внутренней стражи были выведены из Отдельного корпуса внутренней стражи и вошли в состав Корпуса жандармов. Таким образом была образована единая по функционалу и стройная в структурном отношении спецслужба, подчинявшаяся лично императору.

Эти организационные мероприятия и выдающиеся организаторские способности Бенкендорфа, его приемников А. Мордвинова и Л. Дубельта обеспечили эффективную защиту самодержавия, самого императора и членов его семьи. За период правления Николая I (1825–1855) в Российской империи, как в 1920 году писал историк И. Троцкий, много работавший в архивах Третьего отделения:

«…Втечение всего николаевского царствования в России не было ни одного крупного революционного выступления».

Исключением стало восстание 1830–1831 гг. в Царстве Польском. Но в том вины Третьего отделения не было. Наместник государя в Польше — великий князь Константин Павлович, не допускал его деятельности на подконтрольной ему территории.

Особая заслуга Бенкендорфа состояла также в том, что он принципиально изменил идеологию спецслужбы. Третье отделение отказалось от устаревших подходов: «ловить и не пущать». В основу ее деятельности была положена работа на упреждение. И здесь ключевая роль отводилась агентуре. Сотрудничество с ней носило системный характер, значительная ее часть приобреталась в среде «вольнодумцев и смутьянов». Это позволяло спецслужбе своевременно получать информацию о процессах, происходящих в их среде, и оперативно устранять угрозы самодержавию.

Важным и качественно новым элементом в деятельности Третьего отделения было привлечение к «неформальному сотрудничеству» «властителей дум людских». С их помощью спецслужба воздействовала на общественное сознание и формировала положительный образ самодержавной власти. Наиболее активно работали на данном направлении Дубельт и его подчиненные. Их отношения с «властителями дум людских» носили деликатный характер и не редко перерастали в дружеский.

Такой союз сложился с А. Пушкиным и Н. Гоголем. Он имел не только духовную, а и существенную материальную основу. Используя свои возможности, Третье отделение помогло Пушкину издать «Историю Пугачевского бунта». За работу над ней в 1834–1835 гг. великий поэт получил 50 000 рублей, по тем временам деньги огромные. В 1842 году Гоголю была оказана единовременная помощь в 500 рублей серебром. В дальнейшем он получал по 1000 рублей ежегодно в течение 3 лет.