Утро Марфы начиналось с того, что она молилась в крестовой палате, потом читала челобитные, присланные на ее имя, и давала распоряжения своему дьяку, как на них ответить. Часто приходилось оказывать денежную помощь просителям. Старица старалась никому не отказывать и выдавала кому гривну, кому алтын и даже рубль. Затем она шла в мастерскую светлицу, где собирались швеи и вышивальщицы. Марфа лично раздавала «рояльные» книги с выкройками и указывала, какое изделие следует сшить, затем выбирала узоры для отделки, шелка, золото, серебро, жемчуга и самоцветы, а также ткани. Иногда она сама садилась за работу, чтобы изготовить «по обещанию» утварь для церкви или монастыря. С особой любовью она вышивала воротники для сына, ширинки и полотенца для царского обихода. Готовые изделия, ткани и украшения хранились тут же, в светлице, в «кипарисных» сундуках, обитых белым железом. Золотые и серебряные нити, жемчуг и драгоценные камни лежали отдельно в ларцах и шкатулках с надежными замками. Ключи находились у самой Марфы Ивановны.

Поскольку патриарха не было (этот пост царь Михаил ‘ Федорович предназначал для отца), то Марфе приходилось решать и некоторые церковные вопросы. К ней обращались архимандриты и игумены монастырей для разрешения поземельных споров и получения или подтверждения прежних налоговых льгот.

Марфа хорошо помнила, как тяжело жить в опале, в отдаленных убогих монастырях, поэтому стала покровительницей вдовым и опальным царицам, все еще коротавшим свой печальный век на окраинах страны. Прежде всего она перевела из Владимира в Новодевичий монастырь свою прежнюю подругу Марию Буйносову (в монашестве Елену), жену царя Василия Шуйского. Позаботилась она и о Прасковье (Параскеве) Соловой, одной из жен царевича Ивана Ивановича. Ей было позволено переехать в Ивановский монастырь в Москве. Во Владимире осталась лишь Ольга Ксения Годунова, которую Марфа не жаловала из за отца, царя Бориса, и в Суздале ее дальняя родственница Евдокия Сабурова (в монашестве Александра) – первая жена царевича Ивана Ивановича. Но и им из Москвы присылались к праздникам подарки. Когда те скончались, Марфа позаботилась о том, чтобы обе были достойно погребены. Прах Евдокии перенесли в Вознесенский монастырь в Кремле, а останки Ольги Ксении – в Троице Сергиев монастырь, где были похоронены всё члены ее семьи. Не была забыта и одна из жен царя Ивана Грозного – Анна (в монашестве Дарья) Колтовская. Правда, она так и осталась в Тихвинском монастыре и в нем же была похоронена. Видимо, Марфа посчитала, что четвертая жена царя уже не может считаться законной. Но пока знатная монахиня была жива, она также получала от нее подарки.

Поскольку Марфа была главной домоправительницей, то ей приходилось уделять много внимания обустройству царского дворца, находившегося после Смуты в плачевном состоянии. В этом деле Михаил оказывал ей большую помощь. Уже через год все царские покои были восстановлены, а в следующем году иконописцы Иван и Андрей Моисеевы расписали парадные палаты. Марфа была заинтересована в том, чтобы восстановили царицыну Золотую палату в том великолепном убранстве, в котором она была при царице Ирине Годуновой. Сама она ею не пользовалась, но надеялась, что та пригодится для будущей невестки. Из Царицыной палаты левые двери вели в Мастерскую палату, которая состояла из нескольких комнат и кладовых. Все они выходили к церкви Рождества Богородицы с приделом Лазаря, построенной когда то женой Дмитрия Донского Евдокией Дмитриевной. Хотя каменные помещения были пригодны для жилья, Михаил распорядился, чтобы его покои возвели рядом из дерева. Считалось, что жить в каменном помещении вредно для здоровья. Только его кабинет, называвшийся Золотой комнатой, был в каменной части дворца.