Опасаясь за свою безопасность, самозванец немедленно сменил всю кремлевскую стражу. Как записал Масса, «казаки и ратники были расставлены в Кремле с заряженными пищалями, и они даже вельможам отвечали грубо, так как были дерзки и ничего не страшились».

Отрепьев знал, какую власть над умами имеет духовенство, и спешил сменить церковное руководство. Не доверяя русским иерархам, самозванец решил поставить во главе церкви грека Игнатия. Выходец с Кипра Игнатий прибыл в Россию в 1595 г. Грек сумел завоевать доверие Бориса Годунова и патриарха Иова. В 1602 г. он получил в управление рязанское архиепископство. И русские писатели, и находившиеся в Москве иностранцы с крайним осуждением отзывались о личных качествах Игнатия. Игнатий первым из церковных иерархов предал Годуновых и признал путивльского «вора». В награду за это Лжедмитрий сделал его патриархом.

На другой день после переезда во дворец самозванец велел собрать священный собор, чтобы утвердить перемены в церковном руководстве. Никто из иерархов не осмелился перечить его приказам.

Низложение первого русского патриарха было актом вопиющего произвола и беззакония. Собравшись в Успенском соборе, сподвижники и ученики Иова постановили: «Пусть будет снова патриархом святейший патриарх господин Иов». Восстановление Иова в сане патриарха понадобилось священному собору, чтобы придать процедуре вид законности. Следуя воле Отрепьева, отцы церкви постановили далее отставить от патриаршества Иова, потому что он великий старец и слепец и не в силах пасти многочисленную паству, и избрать на его место Игнатия. Участник собора грек Арсений подчеркивал, что Игнатий был избран законно и единогласно. Как видно, никто из иерархов, воспитанных Иовом, не осмелился протестовать против произвола нового царя.

Арсений не пометил точную дату избрания Игнатия. Но он знал, что «Дмитрий» созвал епископов на другой день после прибытия в Кремль, а поставление Игнатия совершилось в воскресенье. Аналогичные сведения сообщает автор «Иного сказания». Согласно «Сказанию», избрание Игнатия имело место в первое воскресенье после прибытия «вора» в Москву, «в неделю июня в 24 день». Автор «Сказания» допустил лишь одну небольшую неточность: первое воскресенье после 20 июня приходилось не на 24, а на 23 июня 1605 г.

Поставив во главе церкви своего «угодника», Лжедмитрий произвел перемены в высшем боярском руководстве. Наибольшим влиянием в думе пользовались князь Василий Шуйский и его братья. На их головы и обрушился удар.

Поводов для расправы с Василием Шуйским было более чем достаточно. Доносы поступили к самозванцу одновременно через П. Ф. Басманова и через польских секретарей и телохранителей.

Василий Шуйский некогда расследовал обстоятельства смерти царевича Дмитрия. Поэтому к нему постоянно обращались, с тех пор как в Литве объявился самозванец. В кругу доверенных лиц князь Василий допускал откровенность даже после того, как Лжедмитрий сел на трон.

Однажды на двор к князю Василию явились некоторые из московских купцов и горожан, чтобы поздравить его с царской милостью. Шуйский будто бы проехал по улицам столицы с царем в его экипаже. В ответ на поздравление одного купца, пользовавшегося полным доверием хозяина, Шуйский в сердцах сказал про нового государя: «Черт это, а не настоящий царевич; вы сами знаете, что настоящего царевича Борис Годунов приказал убить. Не царевич это, а разстрига и изменник наш». Стоявший поодаль купец подслушал разговор и поспешил донести о нем.

Русские источники называют имена купцов и посадских людей, с которыми Шуйский вел неосторожные разговоры. Самым влиятельным из них был Федор Савельевич Конь, крупнейший архитектор и строитель своего времени. В течение восьми лет Конь возвел в Москве каменные стены Белого города, строил укрепления столичного Симонова монастыря.