Л. В. Черепнин возражал против отнесения названного собора к разряду Земских соборов. По мнению Л. В. Черепнина, то был, скорее, акт политической расправы, облеченный в форму соборного приговора. По существу такая оценка представляется вполне верной.

Продолжая наблюдения Л. В. Черепнина, В. Н. Назаров акцентировал внимание на участии в соборном суде выборных земских людей. Нет данных, которые бы позволили реконструировать состав соборного суда. Однако имеющиеся свидетельства принадлежат непосредственным очевидцам и могут быть подвергнуты взаимной проверке. Находившийся в те дни в Кремле патер Лавицкий писал, что Шуйских судили на большом (многочисленном) соборе, состоявшем из сенаторов, духовенства и других сословий.

Капитан Маржарет, перешедший на службу к Лжедмитрию, утверждал, что Шуйские подверглись суду «в присутствии лиц, избранных от всех сословий». Следуя рассказам поляков из окружения самозванца, Г. Паэрле записал, что в суде участвовали как сенат (дума), так и народ.

Свидетельства иностранцев полностью совпадают с данными русских источников. Как подчеркнул «Новый летописец», Лжедмитрий «повеле собрати собор» с приглашением духовных «властей», бояр и лиц «ис простых людей».

Самозванец пришел к власти на волне народных восстаний. Поэтому нет ничего удивительного в том, что в первые дни после прибытия в Москву он еще продолжал видеть в восставшем народе союзника. На соборный суд представители столичного населения были приглашены, чтобы нейтрализовать возможные выступления сторонников Шуйских на суде. В высшем государственном органе — Боярской думе позиции Шуйских были исключительно сильны, и Лжедмитрий имел все основания опасаться происков их сторонников.

С обвинениями против Шуйских на соборе выступил сам Лжедмитрий. По «Новому летописцу», царь объявил членам собора, что «умышляют сии на меня». Со слов секретаря Лжедмитрия, С. Немоевский записал обширную обвинительную речь государя. Главный тезис самозванца сводился к тому, что род князей Шуйских всегда был изменническим по отношению к московской династии. В доказательство Отрепьев ссылался на то, что его блаженной памяти отец семь раз велел казнить своих изменников Шуйских, а брат Федор за то же казнил дядю Василия Шуйского. В своей речи Лжедмитрий фактически отказался от версии о наличии разветвленного заговора. Трое братьев Шуйских якобы намеревались осуществить переворот своими силами: «подстерегали, как бы нас заставши врасплох, в покое убить, на что имеются несомненные доводы».

Поскольку сам царь поддерживал обвинения и утверждал, что имеет несомненные доказательства заговора Шуйских, никакого разбирательства с допросом свидетелей и другими формальностями на соборе не было.

Авраамий Палицин отметил, что Василия Шуйского осудили вскоре после публичной казни Петра Тургенева и Федора Калачнина.

Под впечатлением убийств и казней даже близкие к Шуйским члены думы и священного собора не посмели выступить в их защиту. Инициатива полностью перешла в руки «угодников» Лжедмитрия — патриарха Игнатия, бояр Б. Я. Бельского, П. Ф. Басманова, М. Г. Салтыкова, новоиспеченных думных людей из путивльской «думы». Как с горечью отметил «Новый летописец», «на том же соборе ни власти, ни из бояр, ни из простых людей нихто же им (Шуйским. — Р.С.) пособствующе, все на них кричаху».

Опытному царедворцу Василию Шуйскому пришлось пережить грозу в правление Бориса Годунова, которая едва не стоила ему головы. Он знал, чем можно заслужить снисхождение, и повинился во всех преступлениях, которые ему приписывали. «Виноват я тебе… царь государь: все это (о расстриге и пр. — Р.С.) я говорил, но смилуйся надо мной, прости глупость мою!» — будто бы сказал Шуйский.