Собор осудил Василия Шуйского на смерть, а его братьев на заключение в тюрьму и ссылку. Лжедмитрий спешил с казнью и назначил экзекуцию на следующий день. Все было готово для казни. По существу самозванец ввел в столице осадное положение: «по всему городу уготовлены быша все стрельцы, вооруженны во всем оружии, яко на битву».

На Пожаре распоряжался новый глава Стрелецкого приказа боярин П. Ф. Басманов. Стрельцы оцепили всю площадь полукругом. Преданные самозванцу казачьи отряды и поляки с копьями и саблями заняли Кремль и все ключевые пункты города. По словам поляков, были приняты все меры безопасности против возможных волнений.

Выехав на середину площади, Басманов прочел приговор думы и собора о винах Шуйского. Вслед за тем палач сорвал с осужденного одежду и подвел его к плахе, в которую был воткнут топор.

Сообщение о том, что Василий Шуйский продолжал обличать еретика Гришку, будучи на эшафоте, а московский народ рыдал, слушая его речь, можно отнести к числу вымыслов.

На площади осужденный вел себя совершенно так же, как и на суде. Стоя подле плахи, он с плачем молил о пощаде. «…От глупости выступил против пресветлейшего великого князя, истинного наследника и прирожденного государя своего», просите «за меня — помилует меня от казни, которую заслужил…» — взывал князь Василий к народу.

Во время казни Петра Тургенева и Федора Калачнина москвичи «ругахуся» на них. Из толпы кричали, что суд им «по делом» был.

Осуждение Шуйских вызвало в народе разные толки. По свидетельству поляков, даже их сторонники боялись обнаружить свои чувства, чтобы не попасть под подозрение. По словам же Массы, готовившаяся расправа с Шуйским вызвала явное недовольство в народе. С казнью медлили. Как утверждали современники, отмена казни не входила в расчеты П. Ф. Басманова, и он проявлял видимое нетерпение. Дело кончилось тем, что из Кремля на площадь прискакал сначала один из телохранителей царя, остановивший казнь, а затем дьяк, огласивший указ о помиловании.

В Москве много говорили о том, что прощения Шуйскому добились вдова царица Марфа Нагая и поляки Бучинские, Слонский и др.

Отрепьев впервые увидел в глаза свою мнимую мать 18 июля, когда ее привезли в Москву. Нагая просила за Василия Шуйского не при первом, а при втором его помиловании несколько месяцев спустя, когда Лжедмитрий вернул Шуйских из ссылки.

Бучинские решительно возражали против помилования Шуйских и возвращения их из ссылки. В собственноручном письме Лжедмитрию Бучинский напомнил: «Коли яз бил челом вашей царской милости о Шуйских, чтоб их не выпущал и не высвобождал, потому как их выпустить, и от них будет страх… и вы мне то отказали, что наперед всего богу ты обещал того ся беречи, чтоб ни одной хрестьянской крови не пролилося».'

Авторы записок и сказаний весьма точно воспроизвели обнародованную самозванцем версию помилования Шуйского, соответствовавшую определенному политическому расчету.

Самозванец желал еще до приезда Марфы Нагой подтвердить свое родство с ней. Еще в путивльский период самозванец, стремясь привлечь на свою сторону знать, обещал не давать думных чинов своим польским советникам. В Москве он немедленно нарушил свои обещания. В «комнате» наверху, служившей местом совещания царя с ближними людьми, водворились секретари Ян и Станислав Бучинские, Слонский и др. Чтобы заглушить недовольные голоса в думе, Лжедмитрий решил представить своих польских советников в качестве лучших друзей бояр и их заступников.

Сподвижник Лжедмитрия С. Борша точнее всех других объяснил причины помилования Василия Шуйского.