Пока казаки пили свой мёд пиво, а Симбирск держал вторую жестокую осаду, Разина начали допрашивать. Его разыскное дело не сохранилось (как нарочно исчезают самые важные документы!) – вероятно, сгорело вместе со всем архивом приказа Казанского дворца в 1701 году. Пытали людей вообще зверски, Разина, конечно, в особенности. Он не давал никаких показаний – так писали даже те, кто относился к нему плохо, как Костомаров: «Перенёсши все страдания, не высказав ни одного слова...» или Наживин: «...от Степана ждали все необыкновенных разоблачений о тайных изменах, о зарытых кладах, о страшных заговорах. Но ничего такого он не говорил.

– А ну, подвесь!..

Палачи вздёрнули его вверх, изодрали всю его спину кнутами, выбились из сил – Степан не открывал своих тайн по той простой причине, что нечего ему открывать было. Сняв с дыбы, его стали жарить на угольях – он мучительно стонал, скрипел зубами, но опять таки не сказал ничего. Ему стали капать на темя холодной водой – пытка, которую не выдерживали и самые сильные люди, – Степан скрипел зубами, стонал иногда как то всем телом словно, но молчал. Всё вокруг него качалось, земля уходила из под него... палачи били его батогами по ногам, но ничего не открывал Степан».

Марций: «...раз он не мог прибегнуть к оружию, он решил мстить молчанием, и даже пытками не могли принудить его рассказать о злодейских путях и тайнах его преступных дел. На допросах Разин так твёрдо переносил пытки, что, несмотря на множество изобличавших его улик и свидетельств, не мог рассматриваться как изобличённый и осуждённый на основании собственных своих показаний». Евграф Савельев: «На допросе в земском приказе Разин с гордым видом молчал». У Злобина царь сам пришёл смотреть на пытки:

«– Нашего царя дело едино: пташек травить – в том он смыслит! – глумливо сказал Разин.

– Кнута! – не выдержав, взвизгнул царь.

Он подскочил сам к Степану; крепко вцепившись, выдернул клок его бороды, бросил на пол и стал исступлённо топтать ногами.

Страшные удары кнута снова рушились на спину Разина. Но, теряя сознание, он не сдался и прошептал прерывающимся голосом:

– Запомни, царь... азиатская... птица... холзан...»

Чапыгин:

«На крыльцо вышел сам воевода Земского приказа. Раскинув полы скорлатного кафтана, шарил волосатыми руками в пуговицах шёлковых штанов, бормотал громко, отдувался:

– Фу, упарился! Не человек! Сатана, оборотень! Окромя лая, ни слова! Государю не можно казать пытошную запись – сжечь надо».

А. Н. Сахаров:

«– Говори, злодей, кто сподвигнул тебя на воровство, кто помогал, кто был в сообщниках.

– А вы у брата моего Ивана спросите, – только и сказал Разин и замолчал».

Народная легенда объясняет, почему он молчал. «Песни и сказания о Разине и Пугачёве»: «Стенька начальству раз сам дался, руки протянул, и заковали его в железы. После положили и зачали пытать: и иголками кололи, и кошками били, – ничего не берёт. Стенька знай только себе хохочет. Вот и выискался один знающий человек и говорит: “Да вы чего бьёте то? Ведь вы не Стеньку бьёте, и не он у вас в кандалах, а чурбан. Он вам глаза отвёл, да и хохочет”. Сказал этот человек такое слово, – глядит начальство, ай в самом деле не Стенька лежит, а чурбан. Ну, после Стенька уж не мог вырваться; положили его при том человеке, стали бить, – пробрали.