До развала Советского Союза Перфилов продолжал сниматься в кино. Пусть не так активно, как это было в предыдущие десятилетия, и все в тех же эпизодических ролях, однако все равно это было полноценной работой. И за 80-е актер записал на свой счет еще 13 фильмов, среди которых были: «Приключения Тома Сойера и Гекльберри Финна» (1981), «Трест, который лопнул» (1982), «Зеленый фургон» (1983), «Самая обаятельная и привлекательная» (1985), «Кин-дза-дза» (1986), «Утреннее шоссе» (1988) «Благородный разбойник Владимир Дубровский» (1989). Перфилов даже заставил жену уволиться с работы, и отныне она все свое время посвятила ему, мотаясь за мужем во все его командировки. Кроме этого, она еще успевала ухаживать за своим собственным сыном и за тремя сыновьями Перфилова, которые периодически бывали в их доме. И это в тот период, когда против их семьи ополчились все родственники с обеих сторон. Например, на Веру ополчилась как свекровь, так и родная мать, которая прервала с ней всякие отношения. Однако молодые не сломались под мощным прессом сложных обстоятельств и сумели сохранить семью. И главным подспорьем в этом для них была любовь. Вера до сих пор вспоминает их первое с Перфиловым 8 Марта. В тот день актер с утра куда-то исчез, не сказав любимой ни слова. Она даже подумала, что он забыл про нее, и была вне себя от злости. А потом выяснилось, что Перфилов уехал на край города и купил в цветочном магазине несколько десятков горшков с цветами. Все это он привез домой, выложил на полу и, посадив в центр этой «клумбы» свою жену, сказал: «Ты посмотри, в каком цветнике ты сидишь! Но ты же одна среди них роза!»

В начале 90-х, с развалом Советского Союза, работы у Перфилова практически не стало. Студия Довженко закрылась, а другие киностудии, став мгновенно чужими, перестали приглашать в свои проекты актеров из бывших союзных республик. Какое-то время Перфилова выручало Киевское телевидение, где он вел авторскую программу о кино «Семь футов под килем». Но ее быстро закрыли, поскольку в ней Перфилов много места уделял неблагополучной ситуации с бывшими звездами: показывал, в каких трудных условиях им приходится теперь жить. Однако сам ведущий программы жил не лучше: денег едва хватало на то, чтобы сводить концы с концами. И хотя Перфилов и тогда продолжал периодически сниматься, но это было крайне редко: в период с 1993 по 1997 год актер снялся в крохотных ролях в семи картинах. Последний фильм с участием Перфилова увидел свет в 1997 году и носил красивое название «Вино из одуванчиков». Однако в жизни самого Перфилова события развивались совсем не так красиво. И в том же 97-м с актером случилась весьма грустная история. Перфилов собрал документы для получения звания народного артиста Украины, но Министерство культуры ему в этом отказало. После этого актер решил переехать в Москву, но родной брат Юрий его отговорил: мол, возраст уже не тот. К тому же в конце 1999 года Перфилову наконец дали новую квартиру. Увы, но дожить до новоселья актеру было не суждено.

Свое здоровье Перфилов подорвал на работе. Он снимался в очередном фильме, заболел гриппом, но к врачам не пошел – лечился своими силами. Болезнь дала осложнение на легкие. Но актер и тогда не придал этому значения, хотя с тех пор его стал мучить сильный кашель. Перфилов считал, что это обыкновенная простуда. И только когда у него горлом пошла кровь, он обратился к врачам. Те предложили сделать операцию. Но Перфилов испугался. Тогда ему сделали пенициллиновую блокаду, которая приглушила болезнь, но не вылечила ее.

Спустя какое-то время Перфилов снова лег в больницу.