С 1651 года настоятели монастыря имеют сан архимандрита.

В многовековой истории обители выделяются события, связанные с «Соловецким сидением» (1668–1676 годы) – восстанием иноков против церковных реформ. Вооруженное сопротивление царскому войску завершилось поражением мятежников, что привело к разорению монастыря. И только посещения обители Петром I (1694, 1702 годы) стали свидетельством прощения опального монастыря.

В 1764 году по высочайшему указу, так называемым «екатерининским штатам», в государственное владение перешли многие церковные и монастырские земли. Число монахов в обителях было строго регламентировано. Государство, взяв в свое управление соловецкие вотчины, приняло на себя обязанность защищать обитель и весь северный край от неприятеля. В 1765 году монастырь становится ставропигиальным: из епархиального подчинения переходит в ведение Святейшего Синода.

В 1777 году было предпринято строительство каменной колокольни, а в 1798 году возведена больничная церковь во имя святителя Филиппа. В 1834 году завершено строительство церкви святителя Николая.

В 1854 году, во время Крымской войны, древние крепостные стены выдержали нападение с моря англо-французской эскадры.

В 1858 году монастырь посетил император Александр II. В свите государя были великие князья, дипломаты, писатели и художники. Они с изумлением осматривали древние реликвии, богатую ризницу, искусную церковную утварь, величественные храмы, образцовое монастырское хозяйство.

В связи с увеличением количества паломников в 1859 году был сооружен Свято-Троицкий собор (убранство интерьеров завершено в 1862 году). Именно здесь покоились в раках святые мощи Соловецких чудотворцев Зосимы и Савватия. Над святыми мощами преподобного Германа вместо часовни, существовавшей с XVIII в., построена в 1860 году и освящена в его честь церковь.

В начале XX в. монастырю принадлежали 6 скитов и 3 пустыни. На Соловках было 19 церквей с 30 престолами и 30 часовен. В обители существовали: училище для детей поморов, Братское богословское училище, метеостанция, радиостанция, гидроэлектростанция, литография, ботанический сад. Некоторое время работала здесь биостанция – первое научное учреждение на Беломорье. Обитель могла принять множество паломников, число которых достигало 15 тысяч в год. Перевозки по морю осуществлялись монастырскими пароходами.

Богомольцы стремились к древним святыням, обретая на соловецкой земле душевное умиротворение и покой. Паломников приводило в умиление молитвенное усердие иноков и весь уклад повседневной жизни обители. Соловецкий патерик повествует: «С той минуты, как утром, среди ночной тишины, раздается в обители звук колокола, призывающий на утреннее молитвословие, вседневная жизнь соловецкого инока представляет постоянную смену молитвы и труда».

Святую обитель прославили подвижники благочестия. Особенно почитаются на Руси преподобные Зосима, Савватий и Герман (XV в.), преподобный Елисей Сумский (XV–XVI в.), преподобные Иоанн и Лонгин Яренгские (XVI в.), преподобные Вассиан и Иона Пертоминские (XVI в.), святитель Филипп, митрополит Московский (XVI в.), преподобный Иринарх, игумен Соловецкий (XVII в.), преподобный Диодор (в схиме Дамиан) Юрьегорский (XVII в.), преподобный Елеазар, основатель Свято-Троицкого скита на острове Анзер (XVII в.), преподобный Иов (в схиме Иисус), основатель Голгофо-Распятского скита на острове Анзер (XVIII в.). Соловецким постриженником и учеником преподобного Елеазара Анзерского был Святейший Патриарх Московский и всея России Никон (XVII в.).

После октябрьской революции 1917 года новая власть открыто объявила войну церкви. Монастырь был закрыт по решению Советской власти, а в 1923 году превращен в Соловецкий лагерь особого назначения (СЛОН), преобразованный с 1937 году в Соловецкую тюрьму особого назначения (СТОН, расформирована в 1939 году).