Император решил просить понтифика о мире. Возможность появилась весной 1094 г., поскольку Урбан снова сумел занять Рим и водвориться в Латеранском дворце. В руках Климента III и его сторонников оставался только замок Св. Ангела. Ожидать помощи от Генриха IV антипапе не приходилось: император пытался наладить отношения с папой и едва справлялся с непокорными вассалами в Германии. Но из этой попытки примерения ничего не вышло.

Дипломатические способности папы в полной мере проявились в вопросе о примирении с Восточной церковью. Очередной шаг на этом пути Урбан сделал на Соборе в Мельфи, где провозгласил запрет на отлучение императора Алексея, за что был вознагражден аналогичными ответными действиями Константинополя. Достижение этого соглашения подвигло Алексея на обращение к Латинской церкви за помощью против турок-сельджуков. Направленный им посол выступил на Соборе в Пьяченце, где католические иерархи внимательно выслушали яркие описания страданий и притеснений восточных братьев-христиан от безбожных последователей Магомета. Урбан давно и искренне желал усиления христианства и поражения мусульман. Но он мыслил шире и ставил глобальной задачей не отдельные военные операции против неверных, а масштабный общеевропейский поход для полного освобождения Святой земли.

Достижение последней цели неминуемо привело бы к торжеству христианской веры, возвращению восточных христиан в лоно истинной Церкви и признанию власти папы над всеми греческими территориями. К тому же можно было нацелить становившихся все более своевольными баронов на постоянного врага и обрести мир в доме, отправив их воевать подальше.

Собор не смог прийти к единому мнению относительно похода. Урегулирование отношений с германским императором казалось для Италии более важным.

Но после Пьяченского собора епископы разъехались по своим приходам с твердым осознанием смертельной угрозы со стороны неверных, а сам папа отправился во Францию, чтобы склонить к борьбе за освобождение Святой земли французских рыцарей. Как наместник св. Петра он отчетливо понимал свою огромную ответственность за судьбу всего христианского мира.

Переправившись через Альпы, Урбан сначала посетил Баланс на реке Рона, а затем город Ле-Пюи, где встретился с другим известным прелатом, епископом Адемаром Монтейльским. Тот недавно побывал в качестве паломника в Иерусалиме и поделился с собратом впечатлениями о тяготах, ожидающих богомольцев в Святой земле. При пересечении Альп его похитили сарацины; в плену он претерпел множество мук. Теперь он пылал справедливым негодованием и выступил ревностным помощником Урбана в деле организации похода.

Укрепившись духом, папа направился в сторону Клермона в Оверни, чтобы встретиться там с тремястами епископами, которых он вызвал на совет. Здесь, вдали от влияния Генриха IV, Урбан сделал новые шаги для утверждения своих позиций. Он был французом, и французский клир поддерживал его в борьбе с империей и антипапой. Самые прославленные и доблестные рыцари, к которым он обратился с призывом, тоже были французами.

Собор проходил с 19 по 26 ноября 1095 г. На нем рассматривалось около десятка вопросов насущной церковной жизни, включая уже ставшее привычным осуждение светской инвеституры, симонии и женитьбы священников. Здесь же Урбан показал силу и отлучил короля Филиппа Французского от церкви за незаконное сожительство с Бертрадой де Монфор — папа не забывал заботиться о нравственности правителей.

Англия тоже не осталась без его отеческой заботы.

Оказывая покровительство бенедиктинскому ордену, папа назначил бенедиктинца Ансельма из Аосты, лангобарда по рождению, архиепископом Кентерберийским — вопреки желанию короля Вильгельма II. Общественное мнение Англии и сам король склонялись к признанию антипапы Климента III; Ансельм был верен Урбану. Конфликт короля и архиепископа набирал силу.