Возможно, этот династический союз был задуман также в противовес устроенной Климентом III женитьбе императора Генриха на Евпраксии Всеволодовне Киевской. По мысли Климента, этот брак должен был способствовать объединению Западной и Восточной церквей. Антипапа направил в Киев посольство, искавшее сближения с Православной церковью после разрыва 1054 г. Митрополит Иоанн II составил для Климента весьма искуссное послание, в котором перечислял все ошибки и заблуждения Западной церкви. По вопросу о заключении церковной унии он отослал Климента к патриарху Константинопольскому (1088–1089).

Таким образом, дипломатический ход антипапы оказался бесплодным, а самого его тем временем изгнали из Рима. Партия же папы торжествовала, приобретя в лице Вельфа новую силу. Это-то обстоятельство и вынудило Генриха опять двинуться в Италию. Весной 1090 г. император, сопровождаемый братьями Гогенштауфенами, Фридрихом и Конрадом, спустился с Альп. Навстречу ему выступило объединенное войско Вельфов и Матильды, с которой он так долго вел борьбу. После продолжительной осады Генрих овладел Мантуей и другими городами маркграфини, и, казалось, его успех уже обеспечен. Климент III смог вернуться в Рим, где его радостно приветствовали Франжипани.

Однако папа нанес уже торжествующему императору удар, которого тот не мог ожидать. Его вторая жена, русская княжна Евпраксия (ставшая в браке Адельгейдой), бежала от мужа к Матильде. На церковном Соборе в Констанце (апрель 1094) и на синоде в Пьяченце (март 1095) она принесла жалобу на Генриха, обвинив его в принадлежности к презренной секте николаитов, отвратительных оргиях и сатанизме. Урбан II получил основание вновь предать Генриха анафеме. Процесс Евпраксии против императора, по образному выражению средневекового летописца, стал тем «колом», которым «израильтянка Иаиль насмерть поразила спящего Сисару».

Император-сатанист был обесчещен в глазах христианского мира; его политический авторитет упал как никогда низко. Пользуясь случаем, Урбан отлучил от церкви антипапу Климента III, заклеймив его, как и императора, сектантом-николаитом.

Генрих IV по каким-то неясным причинам возбуждал неистовую вражду влиятельных женщин. На этот раз возмущение против него в качестве пассионарного лидера возглавила Гертруда Брауншвейгская, супруга Генриха Нордхаймского (впоследствии дочь этой четы Рихенца стала супругой Лотаря III).

Большим успехом антиимператорской политики папы явилось совращение старшего сына Генриха, Конрада, на измену отцу. Признанный первой Ломбардской лигой, в которую вошли Милан, Кремона, Лоди и Пьяченца, коронованный архиепископом Миланским, Конрад принес присягу верности папе. Он встретился с понтификом в Кремоне. Молодой король клятвенно заверил Урбана в своей преданности и исполнил из почтения к нему службу конюшего («officium stratoris»), как маршал ведя коня папы под уздцы. Урбан со своей стороны обещал помочь ему отвоевать империю у отца.

Дипломатия Урбана способствовала династическому браку будущего преемника Генриха IV и дочери Рожера Сицилийского. Хлопоча об этой женитьбе, папа хотел крепче связать графа Рожера с оппозицией против Генриха. Вскоре Сицилия превратилась в твердый оплот приверженцев папства и врагов империи. Развитию германо-сицилийского альянса помешала ранняя смерть принца Конрада. Со временем Урбану удалось склонить к измене и младшего сына императора, Генриха.

Вокруг недавно еще всемогущего правителя постепенно возникла пустота. Его мать, вдовствующая императрица Агнесса, к которой сын был более чем холоден, еще раньше перешла на сторону Урбана II. Борьба партий, в которой она оставалась пешкой, и утрата всякого влияния на сына сделали жизнь Агнессы невыносимой, и она решила сменить корону на монашеский убор. Одетая в холщовое платье, с молитвенником в руках императрица вступила в Рим, сидя на дрянной лошади, и пала ниц у гроба апостола, обливаясь слезами и прося защиты у папы.