Однако, сомневаясь в законности подобных выборов, после пяти дней раздумий избранный папа отказался принять сан. Лишь после того, как кардиналы второй раз избрали его, Сканнабекки согласился возложить на себя тиару.

Сложности при выборах свидетельствовали, что его личность устраивала далеко не всех. Действительно, он имел сильных врагов и в союзе с Франджипани вел настоящую войну со знатными домами Сеньи и Чеккано. Еще до интронизации у Сканнабекки случались конфликты с влиятельным и независимым аббатом Монте-Кассино Одеризием II. Известно высказывание могущественного аббата, которое современники при желании могли расценивать двояко — и как хвалу, и как хулу папе: «Мне неизвестно, чей сын Его Святейшество, но я знаю, что он от головы до ног переполнен ученостью». Но, разумеется, это был ядовитый укол безродному выскочке. Уже в новом качестве в 1126 г., воспользовавшись обвинениями, высказанными Атенульфом, графом Аквино, Гонорий II трижды вызывал Одеризия в Рим, после чего денонсировал его должность и впоследствии отлучил от Церкви.

Непростые отношения сложились у папы и с французским монархом Людовиком VI, которому Гонорий угрожал анафемой. Причиной стало желание короля быть господином своего духовенства, как он был властелином светских вассалов. Людовик пытался заставить клириков признать компетенцию и приговоры королевского суда; он энергично отстаивал право вмешиваться в церковные выборы; наконец, он вступил в открытую борьбу с самыми видными представителями реформаторских идей, чем восстановил против себя Бернара Клервосского, который громил его негодующими речами. В 1128 г. французский канцлер и архиепископ Парижский Стефан де Санлис отправил к папе послов с донесением о неблаговидных поступках короля Людовика Толстого. Прелат обвинял монарха в том, что он потворствует распущенности французского духовенства, извлекая из этого позорную выгоду. Де Санлис обвинял короля в захвате церковного имущества, а также в попытке покушения на его жизнь, в котором участвовали солдаты короля.

Чтобы умилостивить папу, рассматривающего ущемление прав духовенства как посягательства на свои личные права, Людовику приходилось платить золотом.

Через полгода после интронизации Гонория IV скончался Генрих V (23.5.1125 г.). Сын, предавший отца, жестокий и честолюбивый, он потерпел неудачу во всех своих предприятиях и не оставил потомства. С его смертью пресеклась Франконская (Салическая) династия, правившая в Германии более ста лет (1024–1125).

Девять знатнейших аристократов собрались в Майнце, чтобы избрать нового короля. На выборы папа Гонорий направил двух легатов (одним из них был Джерардо Каччианемичи дель Орсо, будущий папа Луций II). Покойный Генрих завещал все свои земли племянникам, сыновьям сестры Агнессы, Конраду и Фридриху Гогенштауфенам. Последнему дядя даже успел передать перед самой смертью знаки королевской власти — инсигнии. Но папские легаты по договоренности с архиепископом Майнцским Адальбертом восстановили князей против Гогенштауфенов. Они воспользовались старой нормой о том, что претендент не должен иметь физических недостатков — а Фридрих Гогенштауфен потерял в бою глаз; его так и именовали: Фридрих Одноглазый. Кроме того, папские посланцы ловко выдвинули избирательный принцип, который Франконская династия практически свела на нет. Благодаря этим уловкам они сумели добиться выбора монархом человека, достигшего шестидесяти лет, к тому же не имевшего сына, а только одну дочь, — Лотаря Супплинбургского, герцога Саксонского. Слабый Лотарь обязался предоставить папе полную свободу в назначении епископов, отказаться от любого вмешательства в церковные дела, а также не требовать вассальной клятвы у вновь избранных прелатов после их посвящения в сан.