Военные действия требовали огромных расходов, которые опустошали казну. Оба монарха решились добыть средства путем повышения церковного налога. По установившейся традиции повысить подати духовенства мог только папа, но английский и французский короли дерзнули на этот шаг.

Бонифаций стремился примирить враждующие стороны, поскольку хотел прекращения военных действий. Роль арбитра Бонифацию удалась плохо — он был слишком предвзят, властолюбив и авторитарен для принятия справедливых решений. Временное перемирие между Францией и Фландрией было установлено благодаря посредничеству Эдуарда I. Но добрые или по крайней мере деловые отношения между странами быстро разрушились. И Франция, и Англия наращивали военную мощь. Королевская власть в обоих государствах продолжала притеснять духовенство.

В 1296 г. Бонифаций издал буллу «Clericis laicos», в которой угрожал моментальным отлучением любому, кто облагает духовных лиц налогом без папского разрешения.

Английское правительство покорилось, но Филипп не отреагировал. Его легисты отвечали понтифику официальным языком законов Королевства Франции: «Вольности Церкви не могут помешать королю принимать меры, необходимые для защиты его государства… клирики такие же подданные короля, как и светские лица».

Из-за развития конфликта с Фландрией расходы становились поистине огромными, и Филипп Красивый решил изменить политику в отношении Церкви. До сих пор Капетинги порой ссорились с Римом по личным мотивам, но почти никогда — по принципиальным вопросам. Англия и Священная Римская империя впустую тратили энергию и силы в сражениях с Церковью, но Франция сделала очень мало таких попыток. Когда папы вынуждены были бежать от неуступчивых императоров, они всегда могли рассчитывать на помощь Франции.

Однако теперь Филипп IV пошел на открытый конфликт с папой. Он начал с запрета на вывоз из королевства золота и серебра. Это сократило существенную часть папских доходов в тяжелый для Бонифация момент, поскольку в это время началось его противостояние с римской знатью из враждебных роду Каэтани кланов.

В борьбу не на жизнь, а на смерть вступили два деятеля, полностью лишенные нравственных принципов.

Сделав над собой огромное усилие, папа вынужден был пойти на компромисс и выступить с примирительным жестом — канонизировать Людовика IX, что было мечтой королевского дома Франции. Более того, он позволил облагать налогом французское духовенство для войны с Фландрией. Но эти уступки выводили Бонифация из себя и увеличивали его природную раздражительность.

В 1299 г. римский первосвященник отказался утвердить императора Альбрехта Габсбурга в его сане, поскольку тот осмелился принять корону без папского утверждения. Он был объявлен папой изменником и вызван на суд. К тому же женой Альбрехта была сестра несчастного Конрадина Гогенштауфена. Приводятся слова, будто бы сказанные папой: «Да не будет ему утверждения, пока жива Иезавель!» Лишь убедившись в полной покорности Альбрехта, папа вручил ему корону.

Обычай Древнего Рима праздновать начало нового столетия торжественными церемониями и играми в христианскую эпоху вышел из употребления. Бонифаций решил восстановить языческую старину и извлечь из нее все возможные выгоды для Св. Престола. Он объявил Юбилей, или Святой год празднования XIII столетия Рождества Христова. Булла от 23 февраля 1300 г. возвещала, что все посетившие в течение этого года римские базилики Св. Петра и Св. Павла получат полное отпущение грехов; исключение составляли только поименованные противники Бонифация.

Тысячи паломников прибыли в Рим, наполнив папскую казну. Папа был преисполнен счастьем от этого свидетельства власти Святого Престола. Теперь он смело смотрел в будущее. Хорошие доходы получал папа и от «Домика Девы Марии». Однажды он заявил, что ангелы, явившиеся к нему, обещали перенести из Палестины в Далмацию (Хорватия) домик, в котором родилась Дева Мария.