Понтификат следующего папы, Теодора II (12.897–12.897), длился немногим больше трех недель. Хроники называют его римлянином, но «сыном Фотия», т.е. подчеркивают, что его отец имел греческое происхождение. Римский гражданин, как и Формоз, он за краткое время папствования аннулировал постановления «Трупного синода», приказал с почестями перезахоронить останки несчастного папы в соборе Св. Петра и запретил судебные преследования усопших. Он созвал Собор, который должен был подтвердить законность распоряжений покойного первосвященника. Торжественная церемония призвана была скрасить впечатление от святотатства, совершенного годом ранее; присутствовавшие на ней люди пришли в огромное волнение, и позже в народе бытовали рассказы о том, как лики святых склонились, чтобы поприветствовать усопшего понтифика. Это вызвало резкое недовольство сполетской партии, попытавшейся низвести Теодора и передать папский престол представителю семьи графов Тускулумских Сергию. По неизвестной причине эта попытка не увенчалась успехом, но Теодор скоро умер, и, по-видимому, не своей смертью.

Партия единомышленников Теодора II при поддержке Ламберта избрала папой уроженца Тиволи Иоанна IX (898–900), а партия противников — Сергия. На несколько лет влияние первой партии возобладало, и Сергий был вынужден удалиться в ссылку.

Иоанн IX происходил из германского рода и был сыном известного человека Рампольда. Бенедиктинский монах, поднявшийся по служебной лестнице до сана кардинала-диакона, набожный и осторожный, он искренне хотел уладить скандал с постыдным судом над покойным понтификом. Иоанн объявил приговор Формозу недействительным и с помощью Синода провозгласил, что никого нельзя обвинить и приговорить после смерти, поскольку каждый обвиняемый должен иметь право на защиту. Он приказал сжечь документы Собора, созванного Стефаном VI и осудившего несчастного Формоза. Успеху Иоанна IX, вероятно, способствовал император Ламберт (ок. 875/880–898), который к тому времени возмужал и имел собственное мнение, отличное от взглядов мстительной матери; папа и правитель действовали сообща. Иоанн провел три Собора, а Ламберт — ассамблею в Равенне. Слишком многое остается неизвестным для того, чтобы оценить значимость отдельных решений, принятых на этих двух собраниях, однако в целом они отражают желание обеих сторон достичь понимания и устранить разногласия. Очевидно, что святые отцы осудили Сергия и его сторонников и приняли решение, согласно которому римский первосвященник не мог быть избран без одобрения императорских послов.

В Равенне, столице своего покровителя Ламберта, папа созвал синод епископов Италии. На нем было принято несколько постановлений, направленных на оздоровление церковных нравов. Но процесс разложения Церкви зашел настолько далеко, что одними постановлениями уже ничего исправить было нельзя. В слабом, лишенном внутренней связи Папском государстве подданные строили козни и организовывали заговоры против своих законных правителей.

Характерно соборное постановление, принятое Иоанном IX: оно воспрещало населению Рима грабить после кончины папы его дворец, а равно и дома епископов после их смерти.

Папа изъявил желание, чтобы вмешательство императора положило конец «незаконным союзам» подчиненных ему римлян, лангобардов, франков, которые в зависимости от национальности шли на соглашение с иностранными государствами. Восстановление порядка виделось папе только при содействии императора. Со своими финансовыми проблемами он тоже обращался к Ламберту.

Умный, энергичный, красивый, полный искрометного обаяния Ламберт подтвердил все привилегии папы, сделал распоряжения по поводу сбора церковной десятины и дал обещание поддерживать папскую политику.