Матильда всегда была готова вести войну за дело Григория. Когда падение папы казалось неизбежным, она, поддавшись просьбам своих епископов, уговорам графини Адельгейды и мольбам разоренных городов, почти решила сложить оружие. Но это сомнение овладело ею лишь ненадолго, и она вскоре отказалась от всякого компромисса. Мужественная маркграфиня сохранила верность делу своего великого друга, который оставался в замке Св. Ангела и, окруженный врагами и изменниками, бесстрашно ждал грядущих событий.

После смерти Григория VII (1085) Матильда продолжала враждовать с Генрихом IV, поддержав в конце 1104 года восстание против него, поднятое его сыновьями Конрадом и Генрихом (будущим императором Генрихом V). Великая маркграфиня приняла участие в судьбе жены императора Генриха IV Евпраксии-Адельгейды, находившейся в заточении в Вероне. После успешного бегства в конце 1093 г. та благополучно добралась до Каноссы, где ее ожидала Матильда. Впоследствии она представила беглую королеву папе Урбану И.

Торжественным актом 1077 г. (подтвержденным в 1102 г.) Великая графиня завещала свои владения римскому престолу. Генрих V провозгласил Матильду вице-королевой Италии и короновал ее в Риме в 1111 г.

Матильда много занималась совершенствованием системы образования на подвластных ей территориях. Так, поддерживая знаменитого юриста и исследователя римского права Ирнерия, она способствовала превращению действовавшей ранее в Болонье школы свободных искусств в юридическое учебное заведение, ставшее позднее Болонским университетом.

Великая графиня была похоронена в аббатстве Св. Бенедикта в Полирне около Мантуи. В 1632 г. по распоряжению папы Урбана VIII ее останки были перенесены в собор Св. Петра в Риме — она стала единственной женщиной, удостоенной упокоения в этом священном для католического мира месте. Дж. Л. Бернини воздвиг над ее гробницей величественный монумент.

Генрих прибыл к неприступной крепости почти без всякого конвоя; ворота остались запертыми перед ним. «Он простоял там три дня, — как писал потом сам папа, — лишенный знаков королевской власти, разутый, одетый в шерстяную рубаху, слезно умоляя об апостольской милости и утешении». Разумеется, этого было недостаточно, чтобы дать преступнику прощение. Разыгрался настоящий спектакль. Матильда и крестный отец Генриха, клюнийский аббат Гуго, выступали ходатаями за кающегося, папа упрямился. Наконец, уступая просьбам окружающих, он допустил к себе короля. Глазам присутствовавших предстала потрясающая картина. Гордый преемник Отгонов, полный сил молодой король, «с осанкой и красотой, достойными императора», пал к ногам маленького, слабого человека, поднятого на недосягаемую высоту титулом князя апостолов и наместника св. Петра. Григорий VII, тронутый до слез, поднял короля, дал ему отпущение и поцелуй мира (28 января 1077 г.), но не снял угрозу отлучения, продолжавшую висеть над его головой.

Как принято считать, Генрих IV предстал перед папой сломленный, в рубище, с босыми ногами, замерзший и посиневший. Но не исключено, что на самом деле он спокойно сидел в удобной палатке, достаточно тепло одетый, ожидая, когда папа соблаговолит счесть себя удовлетворенным. По знаку служителя приближенные помогли ему накинуть на одежду дерюгу и проводили в замок. Вечером того же дня все вместе — папа, Генрих IV, аббат Гуго, Матильда и Адельгейда Туринская — приняли причастие в соборе Св. Николая, что означало снятие отлучения.

Вопрос о том, были ли события в Каноссе поражением или успехом Генриха IV, до сих пор является предметом дискуссий. Если ранние исследователи видели в этих событиях глубокое унижение Генриха, то позднее подчеркивался в первую очередь тактический успех короля, а иногда даже прямо говорилось о его победе. Без сомнения, отпущение грехов в тот момент означало для Генриха дипломатическую победу. Ему удалось помешать объединению Григория со своими противниками внутри Германии.