Вернувшись в Англию в сентябре следующего года, предприимчивый работорговец вложил часть полученной прибыли в покупку дома недалеко от лондонского Тауэра.

В октябре 1564 года он подготовил вторую экспедицию. Ее финансировали лондонские купцы и придворные; королева Елизавета предоставила в распоряжение Хокинса старый 700 тонный корабль «Джизес оф Любек» («Иисус из Любека»); кроме этого корабля, ставшего флагманом экспедиции, в плавании участвовали суда «Тайгер» и «Своллоу». Добыв на берегах Западной Африки около 400 рабов, англичане пересекли Атлантический океан и достигли побережья Венесуэлы. Хотя испанские колониальные власти в Борбурате, а затем в Рио-де-ла-Аче боялись торговать с иностранцами, Хокинс, действуя где хитростью, где угрозой применения силы, сумел обменять африканцев на золото, серебро, жемчуг и драгоценные камни. От берегов Южной Америки флотилия направилась во Флориду, где посетила колонию французских гугенотов Форт-Каролину. На родину работорговцы вернулись в сентябре 1565 года. Прибыль от этого предприятия составила, по разным оценкам, от 30 до 60 %.

В июле 1567 года правительство поручило Джону Хокинсу снарядить новую флотилию для похода в Западную Африку. Инвесторами предприятия выступили графы Лестер и Пемброк, королева Елизавета, верховный лорд-адмирал Клинтон, толстосумы из Сити, братья Джон и Уильям Хокинсы, представители Адмиралтейства Уильям Уинтер и Бенджамин Гонсон. В Плимуте снаряжались сразу 4 корабля, принадлежавшие братьям Хокинс. Еще до отплытия командир экспедиции решил, что пойдет не только в Африку, но и в Вест-Индию, где он собирался продать английские товары и сбыть негров рабов.

2 октября 6 судов флотилии Хокинса покинули Плимут, имея на борту от 500 до 700 моряков и солдат. Флагман экспедиции, «Джизес оф Любек» («Иисус из Любека»), был вооружен 22 батарейными орудиями и 42 легкими пушками, экипаж насчитывал 180 человек. Вначале все шло по плану. Англичане прибыли в Западную Африку, добыли здесь несколько сот рабов, затем пересекли Атлантику и с выгодой продали африканских невольников в портах Южной Америки. В трюмах осталось несколько десятков «единиц живого товара», но, так как приближался сезон ураганов, Хокинс принял решение возвращаться домой.

В августе, в районе кубинского мыса Сан-Антонио, разыгрался шторм, не утихавший в течение четырех дней. Когда ветер стих и погода наладилась, выяснилось, что «Иисус» протекает, как решето. Хокинс начал искать удобное место, где можно было починить флагман и другие суда.

15 сентября Хокинс прибыл в гавань Сан-Хуан-де-Улуа – морские ворота Веракруса. Когда англичане появились в гавани, там как раз ожидали прибытия флота Новой Испании. Испанцы приняли вражеские корабли за суда этого флота. Можно представить себе их испуг, когда они обнаружили свою ошибку. Вся годовая выручка Мексики оказалась под контролем Хокинса, но он успокоил испанцев, заявив, что хочет лишь пополнить запасы продовольствия и отремонтировать суда.

16 сентября флотилия Хокинса вошла в порт, а утром 17 сентября у входа в гавань неожиданно показался испанский «серебряный флот» – 13 торговых судов, сопровождаемых 2 военными галеонами. Хокинс оказался в трудном положении. Увидев эскадру, он решил, что она была послана специально для его уничтожения. На самом деле это был флот Новой Испании под командованием дона Франсиско де Луксана, не имевший для своей охраны ничего, кроме капитаны и альмиранты. На одном из кораблей находился новый вице-король Новой Испании дон Мартин Энрикес.

Хокинс решил вступить в переговоры с вице-королем, который, обнаружив в гавани английские суда, стал в трех лигах мористее. Стороны сошлись на следующем: англичанам было позволено отремонтировать суда и закупить провиант; они оставались во владении островом Улуа внутри гавани и сохраняли на нем 11 бронзовых пушек; ни один испанец не мог сойти на берег с каким-либо оружием.