Произошли серьёзные перемены в верхних эшелонах государственной власти. Немедленно были уволены генерал-прокурор П. X. Обольянинов, государственный казначей Г. Р. Державин, канцлер князь А. Б. Куракин. На их места были назначены: на должность генерал-прокурора — генерал от инфантерии А. А. Беклешев, государственным казначеем — барон А. И. Васильев, канцлером — граф Н. П. Панин.

Панин был выслан Павлом из Петербурга 17 декабря 1800 года и потому не замарал рук кровью убитого императора.

Д. П. Трощинский был назначен «состоять при особе его величества у исправления дел, по особой доверенности государя на него возложенных». В должность статс-секретаря при нём был определён статский советник Михаил Михайлович Сперанский, сыгравший скоро исключительно важную роль.

Из активных участников заговора почти все свои посты сохранил лишь один Палён.

23 марта, в тот день, когда войско Платова повернуло на Дон, в Петропавловской крепости состоялось погребение тела Павла I. До этого дня были уже обнародованы императорские указы об амнистии. 14 марта были сняты всяческие запрещения на вывоз из России различных товаров; 16 марта разрешён свободный ввоз в Россию заграничных товаров; 22 марта — свободный въезд и выезд из страны; 31 марта разрешена деятельность частных типографий и ввоз книг и нот из-за границы; полкам возвращены их исторические названия, бывшие при Петре I и Екатерине II и заменённые Павлом на имена шефов этих полков.

2 апреля в общем собрании Сената, проходившем под председательством Александра, были зачитаны один за другим пять императорских манифестов: о восстановлении Жалованной грамоты дворянству и об освобождении дворян от телесных наказаний; о восстановлении Жалованной грамоты городам; о свободной торговле с заграницей и предоставлении государственным крестьянам права пользования лесными угодьями; об уничтожении Тайной экспедиции; были прекращены уголовные и гражданские дела, по которым предусматривались взыскания казённых сумм до тысячи рублей.

Через неделю в городах убрали виселицы, стоявшие в публичных местах, а 9 апреля последовал указ об обрезании пуклей у солдат. Однако же у Александра не поднялась рука на ненавистные всем военные косы, которые просуществовали в большинстве полков, исключая гусар и гвардию, до декабря 1806 года. Была введена новая форма — широкие, свободно сидевшие мундиры обузили и укоротили, подняв отложные воротники и сделав их стоячими. По замечанию современников, голова от этого была как бы в ящике и плохо поворачивалась.

Из государственной казны было отпущено 5 тысяч рублей на нужды Вольного экономического общества — одного из старейших в мире научных обществ, существовавшего в России с 1765 года. Такие дотации стали ежегодными.

Чуть позже последовал указ о выделении 6250 рублей на нужды Академии наук, которая в годы правления Павла почти никаких дотаций не получала. Любопытным было указание президенту Академии наук от 28 мая 1801 года: «...дабы объявление о продаже людей без земли ни от кого для пропечатания в ведомостях принимаемо не было».

Это была первая робкая попытка Александра ограничить тяготы крепостничества. Причём речь шла не о запрете продавать людей без земли, а лишь о запрете объявлений такого рода в ведомостях Академии наук, поскольку они имели подписчиков за границей.

Были осуществлены некоторые административные преобразования в высших государственных учреждениях.

26 марта был упразднён Совет, который при Павле занимался чаще всего рассмотрением рукописей и книг, запрещённых цензурой, а не ведением важных государственных дел. И ещё два исключительно важных установления были произведены Александром в самом начале царствования.

5 июня 1801 года Александр приказал Сенату представить доклад, в котором содержались бы предложения о правах и обязанностях этого учереждения и его членов. Эти права и обязанности с момента их оглашения обретали силу государственного закона.