Остаток января и февраль Аракчеев провёл главным образом за работой по совершенствованию структуры и отработке взаимодействия различных частей аппарата своего министерства. Особое внимание он обратил на положение дел в интендантстве, взяв его под свой личный контроль, так как именно по этому ведомству производилось до половины расходов из всей сметы министерства военно-сухопутных сил.

Заслугой Аракчеева можно считать учреждение первых учебных частей, в которых готовились унтер-офицеры, а также создание рекрутских депо, откуда выходили в пехотные, артиллерийские и кавалерийские части уже подготовленные молодые солдаты.

Дело началось с того, что была сформирована резервная фейерверкская рота, где готовились артиллерийские унтер-офицеры — фейерверкеры. Вслед за тем уже Александр повелел создать учебный гренадерский батальон «для лучшей удобности снабжать полки исправными унтер-офицерами».

В 1809 году был создан второй такой батальон, а великий князь Константин Павлович сформировал для аналогичной цели учебный кавалерийский эскадрон. Параллельно во всех батальонах и эскадронах также готовились унтер-офицеры. Все эти нововведения осуществлялись с благословения Александра.

Наибольшее развитие рекрутские депо получили в бытность военным министром в 1810—1812 годах М. Б. Барклая-де-Толли, однако честь их создания принадлежит Аракчееву. Он разработал и основные принципы их деятельности, основанные на гуманном, отеческом отношении к рекруту, что упорно замалчивалось историками.

14 декабря 1808 года Александр по представлению Аракчеева утвердил «Учреждение учёного комитета по артиллерийской части». «Учреждение» начиналось статьёй, трактующей цели нового комитета: «Главнейший предмет занятий комитета — изыскание всех способов к доведению до возможного усовершенствования всех до артиллерийского искусства относящихся предметов как со стороны теории, так и со стороны практики».

Статья вторая гласила: «А потому обязан комитет рассматривать рассылаемые по арсеналам и заводам чертежи орудиям, снарядам и прочим артиллерийским принадлежностям, и ежели за полезное признает в оных сделать какие отмены, представлять о том генерал-инспектору всей артиллерии».

В задачи комитета входил также контроль за лагерными учениями артиллеристов, рассмотрение «всяких прожектов, до артиллерии касающихся, производство экзаменов у юнкеров и фейерверкеров перед присвоением им офицерского чина, издание «Артиллерийского журнала».

Интересна и инструкция о производстве квалификационных экзаменов, утверждённая Александром также 14 декабря 1808 года. Одна из статей её гласила: «Дабы удостоену быть к производству в артиллерийские офицеры, требуются достаточные познания в следующем: в арифметике, геометрии вообще, тригонометрии, алгебре до разрешения уравнений третьей степени, черчении артиллерийских орудий и всего к оным принадлежащего, делании пороха и приготовлении артиллерийских снарядов, сведениях о литье, разделении и употреблении артиллерийских орудий».

А тем временем назревала новая война. Англия не испугалась сближения России и Франции. И таким образом, статьи 4 и 5 Тильзитского договора, направленные против неё, должны были быть приведены в исполнение. Статья 4 предусматривала посредничество Александра в переговорах Франции с Англией. Причём если Англия отказывалась от такого посредничества, то в силу вступала статья 5, предусматривавшая, что Швеция, Дания и Португалия немедленно закрывают свои порты для английских кораблей и объявляют Англии войну. Договором было оговорено, что если к континентальной блокаде не примкнёт Швеция, то Дания обязана будет объявить ей войну.