Возведение виселицы затянулось. Первоначально предполагалось, что казнь будет проведена в 8 часов утра, однако к этому времени рабочие не успели. Сотрудники службы шерифа округа Саффолк числом 25 человек встали вокруг виселицы в виде каре, внутрь которого посторонние не должны были проникать. В 08:50 первых приглашённых на казнь, до того толпившихся у стен тюрьмы, стали пропускать во двор. Всего были впущены 132 человека. К ним добавилось некоторое количество работников тюремной администрации, кроме того, часть двора была выделена для тюремных узников, которым надлежало рассказать об увиденном сокамерникам. Допуск заключённых преследовал, по-видимому, воспитательную цель – тюремным сидельцам следовало знать из первых уст, как именно проводится казнь.

По свидетельству очевидцев, тюремный двор был заполнен полностью, люди стояли стеной, плечом к плечу. Бригадир рабочих объявил об окончании постройки виселицы в 9 часов утра. Ввиду крайнего дефицита времени он проводил проверку открывания «западни» [люка под ногами висельника] на глазах собиравшихся во дворе зрителей.

Смертник отказался от завтрака и с 7 часов утра находился в обществе преподобного Патнэма. За ним пришли чуть позже 9 часов утра. К виселице Джона Уэбстера должны были отвести 5 тюремных конвоиров и столько же сотрудников службы шерифа. Непосредственно рядом со смертником находились руководители тюремной администрации, окружной шериф со своими ближайшими заместителями, 2 врача и священник. В общем, группа собралась под 2 десятка человек, которые стеной загородили узкий тюремный коридор. Невысокий профессор, зажатый плечами здоровенных конвоиров, буквально потерялся за стеной мужчин в мундирах.

Когда вся эта процессия вышла во двор, зрители не сразу увидели смертника. Среди наблюдавших за казнью было немало лиц, знавших Джона Уэбстера в его лучшие годы. Все, кто видел его в то утро, сходились во мнении, что склонный к полноте профессор за последние месяцы заметно прибавил в весе. Помимо врождённой предрасположенности на этот процесс мог повлиять малоподвижный образ тюремной жизни.

Сообщение о казни профессора Уэбстера.

Умер профессор Уэбстер достойнее, чем жил. Он отказался от последнего слова, поэтому на эшафоте пробыл недолго, менее минуты. Едва он поднялся на помост, ему накинули на голову капюшон, палач сразу же поставил его на «западню», сноровисто надел петлю, затянул её за правым ухом и буквально через пару секунд дёрнул рычаг, открывавший створки «западни». Тело провалилось ниже уровня настила эшафота и повисло на высоте примерно 1 метр над землёй. Всё произошло без лишних движений под меланхоличное чтение псалмов священником, не прозвучало никаких других слов, криков, борьбы. Те, кто ожидал увидеть зрелище, остались разочарованы – профессор из-за своей грузности умер как-то очень просто и довольно быстро для казни такого рода. Не прошло и 5 минут, как врачи, спустившись под эшафот, обнажили грудь повешенного и попытались определить сердцебиение. Убедившись в его отсутствии, они разрешили снимать тело с виселицы.

Вечером того же дня тело повешенного было передано семье. 3 сентября Джон Уэбстер был предан земле. Могилы его формально не существует, в том смысле, что она не обозначена могильным камнем или памятником [хотя в кладбищенских документах время и место зарегистрированы].