В 1523 г. митрополит Даниил доказал свою пре­данность великому князю; он согласился взять на себя ту неблаговидную роль, от которой с негодова­нием отказался Варлаам. Поклявшись обеспечить не­прикосновенность Василия Шемячича, Даниил позво­лил Василию III схватить приехавшего в Москву новгород-северского князя. Внук отравленного по приказу Василия Темного Дмитрия Шемяки кончил свои дни в московской тюрьме. В 1525 г. Даниил при­знал сомнительный с точки зрения церковных кано­нов развод Василия III с первой женой, Соломонией Сабуровой, а затем и его брак с Еленой Глинской.

На деле убедившись в преимуществах сотрудниче­ства с иосифлянами, Василий III дал согласие на расправу с последователями Нила Сорского. В 1525 г. перед церковным судом предстал Максим Грек. Его обвиняли в различного рода преступлениях. Однако подлинной причиной расправы были нестяжательские взгляды Максима. Последующие 30 лет своей жизни Максим провел в опале и ссылке. Он был отправлен «на послушание» к своим злейшим врагам — мона­хам Иосифо-Волоцкого монастыря. Впоследствии Максим был переведен в тверской Отрочь монастырь, затем — в Троице-Сергиев. Там он и умер в глубокой старости в 1555 г. Его похоронили возле Духовской церкви. Со временем троицкие монахи отметили мо­гилу Максима, причисленного к «лику святых», осо­бой надгробной «палаткой».

Несколько лет спустя Вассиан Патрикеев разде­лил участь своего друга-«философа». В 1531 г. он был судим по обвинению в превратном толковании церковных канонов. Признанный виновным, князь-инок был сослан в Иосифо-Волоцкий монастырь.

Не довольствуясь физической расправой с идеологами нестяжательства, митрополит Даниил позабо­тился об историческом обосновании иосифлянских взглядов. Он подготовил грандиозный свод бытовав­ших на Руси церковно-юридических актов (так назы­ваемую «Сводную Кормчую»), который давал воз­можность нейтрализовать собранные Максимом Гре­ком высказывания церковных авторов, осуждавших «владение селами». Одновременно Даниил организо­вал составление нового летописного свода, в котором иосифлянские идеи были подкреплены историческими примерами.

Еще одним доказательством законности, непри­косновенности церковного землевладения должны бы­ли послужить составленные по распоряжению митро­полита Даниила сборники ханских ярлыков русским митрополитам. Пример ордынских «царей» должен был вразумить христианского «государя».

Одним из проявлений иосифлянских взглядов Да­ниила стала забота о прославлении Пафнутия Боров­ского, учителя Иосифа Волоцкого. Митрополит уста­навливает ежегодное празднование памяти Пафнутия в день его кончины .

В период регентства Елены Глинской Даниил санкционировал арест и заточение удельных князей Юрия Дмитровского и Андрея Старицкого, братьев Василия III. Оба они вскоре умерли в темнице. Та же участь постигла и дядю правительницы — Михаи­ла Глинского.

2 апреля 1538 г. Елена Глинская умерла. Начал­ся длительный период боярского своеволия. Новое правительство, во главе которого встал князь Васи­лий Васильевич Шуйский, освободило из тюрем мно­гочисленных родичей и сторонников удельных кня­зей. Митрополит Даниил, благословлявший расправы с удельной знатью, 2 февраля 1539 г. был низложен. Один неофициальный летописец середины XVI в., рассказывая об этих событиях, замечает, что митро­полит «ко всем людям был немилосерден и жесток, уморял у себя в тюрьмах и оковах людей своих до смерти, да и сребролюбие имел великое».