Весьма интересно и пожелание Иоасафа упомя­нуть в историческом экскурсе, касающемся собора 1503 г., не только Иосифа Волоцкого, но и «старцев-пустынников», то есть нестяжателей и их вождя Нила Сорского. Видимо, близость Иоасафа с Сильвестром была основана на сочувственном отношении того и: Другого к учению нестяжателей. Впрочем, как и не­которые другие «поздние»    нестяжатели, Иоасаф не стеснял себя в повседневном обиходе: живя в Троиц­ком монастыре, он «пировал с клирошанами», а позд­нее, в Кирилловской обители, устраивал себе в келье особый, отдельный от всех монахов стол.

Вскоре после свержения Иоасафа хозяином «до­ма пречистой Богородицы» стал новгородский архие­пископ Макарий. Уже на другой год новый митропо­лит едва не был раздавлен жерновами придворной борьбы. В 1543 г. князья Шуйские решили распра­виться с боярином Федором Воронцовым. Его схва­тили в государевой «столовой избе», выволокли на улицу и принялись бить «смертным боем». Макарий вмешался, чтобы приостановить расправу. Его само­го клевреты Шуйских «безчестно затеснили и мантию на нем со источники и содрали» .

И все же Макарий сумел благополучно пережить все политические конвульсии эпохи. В период остро­го династического кризиса 1553 г., когда тяжело боль­ной Иван IV принуждал бояр целовать крест на верность своему полугодовалому сыну, «пеленочнику» Дмитрию, Макарий сумел уклониться от участия в придворной борьбе. На следующий год царь назна­чает его своим душеприказчиком, призывает в ка­честве свидетеля заново составленной духовной гра­моты.

7  августа 1560 г. умерла первая жена Ивана IV царица Анастасия. Макарий был в числе главных организаторов его второго брака. 21 августа 1561 г. он обвенчал Ивана с кабардинской княжной Кученей, которую он же накануне окрестил Марьей. В   начале 60-х годов, когда Иван IV начинает ра­скручивать чудовищный маховик массовых репрессий и казней, митрополит пытается успокоить царя, при­мирить его с боярством. Он широко пользуется тра­диционным правом «печалования», позволявшим главе церкви брать под свою защиту провинивших­ся, опальных вельмож. Макарий старался смягчить участь впавших в немилость деятелей Избранной рады, дать им возможность лично оправдаться перед царем. В 1561 г. он примиряет Ивана IV с его двою­родным дядей князем Василием Михайловичем Глин­ским, ручается за его политическую благонадеж­ность; в 1562 г. спасает князя Вельского. Уже незадолго до смерти, в  1563 г., Макарий на время примирил царя с его двоюродным братом князем Вла­димиром Андреевичем Старицким.

31 декабря 1563 г. Макарий скончался. Это был один из просвещенных и гуманных руководителей русской церкви. Известный исследователь эпохи Ива­на Грозного академик С. Б. Веселовский, быть может несколько увлекаясь чистотой художественного обра­за, писал, что «Макарий принадлежал к тем немно­гим избранным натурам, которые одним своим при­сутствием облагораживают и поднимают окружаю­щих их людей и своим молчаливым упреком действуют сильнее, чем резким осуждением. Для борьбы он был слишком мягким человеком, но влия­ние его на царя долгое время было очень велико» .

Одной из главных причин редкого для той эпохи политического долголетия митрополита Макария бы­ло его умение идти навстречу пожеланиям как свет­ских властей, так и иосифлянского большинства церковной иерархии. В своей деятельности он тонко сочетал защиту интересов церкви с крупными услу­гами боярскому правительству и самому Ивану IV.