Потерпев неудачу в главном вопросе, царь все же заставил Макария и его окружение пойти на не­которые уступки. Уже после завершения работы со­бора было объявлено, «что впредь архиепископам и епископам и монастырям вотчин без царева ... ведома и без докладу не покупати ни у кого. А князьям и детям боярским и всяким людям вотчин без докладу им не продавать. А кто купит, или кто продаст вотчину без докладу, и у тех, кто купит, денги пропали, а у продавца — вотчина. А взяти вотчину на государя и великого князя безде­нежно» .

Столкновение с царем по вопросу о монастырских вотчинах не сказалось на положении Макария. На­против, царь вскоре выдает на расправу иосифлянам последних нестяжателей. В 1554 г. их предводитель, игумен Троице-Сергиева монастыря Артемий, был сослан в Соловки.

Расправа с Артемием — яркий пример того, ка­кими средствами стоявшие у власти иосифляне, в том числе и митрополит Макарий, расправлялись со сво­ими противниками из среды черного духовенства. Московский вольнодумец Матвей Башкин, оказав­шись под следствием по подозрению в ереси, назвал Артемия в числе своих единомышленников. На очной ставке Артемий отверг показания Башкина. Тогда сыскан был новый свидетель—бывший ферапонтов-ский игумен Нектарий. Он обвинил Артемия в тер­пимости к новгородским еретикам, в сочувствии к «латыни» и «немецкой вере», а также в критике пи­саний Иосифа Волоцкого. Нашлись и еще свидетели против Артемия. Впрочем, некоторые из них в ходе процесса отказались от своих показаний. Главным обвинителем и одновременно судьей выступал сам митрополит Макарий.

Старый нестяжатель на суде держался твердо и с достоинством. Когда стало ясно, что Макарий и возглавляемый им собор намерены осудить Артемия на смерть, в дело вмешался Иван IV. Памятуя о дав­них симпатиях московских государей к нестяжате­лям, царь велел сохранить ему жизнь. Артемий был приговорен к ссылке в Соловецкий монастырь, где должен был содержаться в одиночной, «молчательной келье». Ему было запрещено говорить и писать, по­лучать письма и посылки. Особый монах-надзиратель постоянно следил за тем, чем он занимается в своем «узилище». Лишь сам игумен имел право беседовать с Артемием, склоняя его к раскаянию. Впрочем, по счастью для Артемия, игуменом этим был знаменитый Филипп Колычев. Человек твердый и независимый, Филипп, по-видимому, проникся сочувствием к Арте­мию. Известно, что узник «молчательной кельи» вско­ре бежал из монастыря, переправился на материк и ушел за рубеж, в Литву. Побег из Соловков, техни­чески крайне сложный, был возможен лишь при явном попустительстве со стороны монастырских властей.

По кончине Макария его место занял «старец» Чудова  монастыря Афанасий, в  прошлом — царский духовник. Он уже в начале 50-х годов был приближен ко двору, сопровождал Ивана IV в походе на Казань. В 1554 г. Афанасий крестил царевича Ивана. Есть свидетельства его близости с митрополитом Макарием.

24 февраля 1564 г. высшие церковные иерархи совместно с царем избрали Афанасия митрополитом, а 5 марта состоялось его торжественное возведение на кафедру. В знак благоволения царь выдал Афа­насию грамоту, в которой подтверждался податный и судебный иммунитет митрополичьих вотчин.

Несмотря на осторожность и большой опыт обще­ния с царем, пребывание Афанасия на митрополичьей кафедре оказалось недолгим. Следуя давней привыч­ке московских митрополитов, он пытался влиять на выработку политической линии правительства, при­нимал участие в придворной борьбе.