В личных покоях Филипп позволил себе даже не­который комфорт: ковер, цветные стекла в окнах, многочисленную прислугу.

Своей бурной деятельностью по благоустройству монастыря Филипп привлек к себе внимание не толь­ко монашеского мира, но также московских бояр и самого Ивана IV. Богатые царские пожертвования пополнили монастырскую казну и позволили развер­нуть на острове большое каменное строительство. На смену старым деревянным зданиям приходит комп­лекс Успенской церкви с трапезной и келарскими палатами, сооруженный в 1552—1557 гг. В 1558— 1566 гг. в монастыре был выстроен огромный, очень своеобразный по архитектуре Спасо-Преображенский собор.

Как и его учителя, «старцы» северных монасты­рей, Филипп любил уединение и безмолвие. Прежде чем принять игуменство, он долгое время жил в ски­ту, получившем позднее название «Филипповой пу­стыни». Там, на холме, с которого открывались бес­крайние северные просторы, Филипп построил келью для уединенных молитв и размышлений. Став игуме­ном, он не раз возвращался сюда. Великое молчание природы, торжественная гармония земли, воды и об­лаков наполняли его душу тишиной и покоем.

Даже в далеких Соловках слышны были раскаты грозы, бушевавшей в Москве. Царь начал борьбу с «изменниками». В 1560 г. в Соловецкий монастырь был сослан московский протопоп Сильвестр, духовник Ивана IV, один из виднейших деятелей правительст­ва Избранной рады. Беседуя со ссыльными, прислу­шиваясь к вестям из столицы, Филипп и не подозре­вал, что вскоре водоворот политической борьбы под­хватит его и понесет навстречу гибели.

Летом 1566 г. Филипп был вызван в Москву. Царь и «Освященный собор», как именовались на язы­ке того времени высшие церковные иерархи, предло­жили ему принять митрополичий сан. Филипп выста­вил условием своего согласия ни много ни мало как отмену опричнины. Разгневанный Иван со своей сто­роны заявил, что признает Колычева  митрополитом лишь при условии, чтобы тот знал свое место и «в опришнину и в царский домовой обиход не всту­пался». Филипп отступил. Он обещал не вмешиваться в государственные дела. Лишь после этого, 25 июля 1566 г., Филипп был возведен на митрополичью ка­федру.

Первое время митрополит держал слово и лишь с молчаливым осуждением взирал на разгул оприч­нины. Но наконец он не выдержал и заговорил. 22 марта 1568 г. Филипп публично, в Успенском со­боре, пригрозил царю Страшным судом и адскими муками за тот «пожар лютости», которым была охва­чена Россия. Однако обличения Филиппа не оказали на царя никакого воздействия. «Коса» нашла на «ка­мень». Царь Иван гневным окриком прервал обли-личительную речь Филиппа.

Следуя примеру прежних митрополитов, Филипп в знак протеста покинул митрополичий двор и пере­селился в московский Никольский монастырь. Когда-то Иван III в такой же ситуации вынужден был скло­ниться перед митрополитом Геронтием и просить eго возвратиться в Кремль. Однако Иван IV и не думал следовать примеру деда.

Вскоре Филипп вновь обрушился на Грозного, уп­рекая его в том, что царь явился на богослужение в черном опричном балахоне с высоким шлыком на го­лове. И вновь Иван велел Филиппу замолчать или же оставить митрополию.

Самый сильный приступ ярости вызвало у царя столкновение с Филиппом во время богослужения в соборе Новодевичьего монастыря 28 июля 1568 г. Возмущенный тем, что один из опричников не снял шапку во время чтения Евангелия, митрополит про­изнес гневную речь, требуя отмены опричнины. Иван IV и его опричная свита покинули богослужение.