В декабре 1564 г. Иван IV покидает Москву и поселяется в Александровой слободе. Перепуган­ные бояре отправились к нему, умоляя вернуться в столицу. Они беспрекословно приняли выдвинутое царем требование о разделе всей территории страны на опричнину и земщину. В опричнину отошли райо­ны, где располагались родовые вотчины оппозицион­ной боярской верхушки. Пользуясь неограниченной властью в пределах опричных земель, Иван IV высе­ляет оттуда бояр, а их владения передает своим оп­ричникам. Одновременно царь вновь обращается к казням и ссылкам как к средству борьбы с «измен­никами».

Одним из условий своего возвращения в Москву в январе 1565 г. Иван IV поставил отказ церковных иерархов и в первую очередь митрополита — который, кстати сказать, не ездил вместе с боярами в слобо­ду,— от традиционного права заступничества за опальных. Митрополит вынужден был покориться. Однако когда, по выражению современника, «воску-рилось гонение великое» на многие боярские семьи, он не утерпел и, следуя примеру Макария, стал за­ступаться за тех, на чьи головы обрушился опричный террор. Митрополит ходатайствовал перед царем за боярина И. П. Яковлева, князя М. И. Воротынского. Но времена были уже не те, да и сам Афанасий не имел авторитета Макария.

16 мая 1566 г. митрополит Афанасий под благо­видным предлогом, «за немощью», оставил кафедру и ушел обратно в Чудов монастырь. Там он прожил на покое еще несколько лет, занимаясь своим любимым делом — иконописанием. В 1567 г. именно ему было доверено «поновление» главной святыни Московского государства — «чудотворной» иконы Владимирской Богоматери.

После ухода с кафедры Афанасия Иван IV ока­зался перед необходимостью избрания нового хозяи­на «дома пречистой Богородицы». Царь искал иерар­ха выдающегося, способного освятить своим автори­тетом деятельность правительства. Спасаясь от постоянного душевного смятения, ночных кошмаров и приступов безумия, Иван хотел видеть рядом с собой подлинного «духовного отца», мудрого советника и исповедника.

Обычно кандидатов на митрополию выбирали из числа епископов или настоятелей крупнейших москов­ских монастырей. Иван IV нарушил эту традицию. Его избранником стал игумен далекого Соловецкого монастыря Филипп Колычев. Вопреки ожиданиям царя Филипп оказался одним из самых стойких бор­цов против опричного террора. В исторической лите­ратуре высказывалось мнение, согласно которому му­жественные выступления Филиппа против опричнины объясняются его личными связями с московским бо­ярством. Однако новейшие исследования этой эпохи показывают, что многие боярские роды, в том числе и Колычевы, в 60-е годы XVI в. не только не высту­пали против опричнины, но и сами принимали в ней активное участие. Таким образом, упрощенно-социо­логическое объяснение мотивов конфликта между царем и митрополитом оказывается несостоятельным.

Мы слишком обеднили бы историю русской церк­ви, а вместе с ней и историю страны, стремясь объяс­нить поступки ее деятелей одними лишь корыстными соображениями и холодным политическим расчетом. Воспитанные на каждодневном чтении Евангелия и Апостола, русские иерархи, во всяком случае наиболее искренние из них, не могли не принять ту систему моральных ценностей, тот культ милосердия и само­пожертвования, которым проникнуты эти древние книги. «Кто хочет идти за мною, отвергнись себя, и возьми крест свой, и следуй за мною. Ибо кто хочет душу свою сберечь, тот потеряет ее, а кто потеряет душу свою ради меня и Евангелия, тот сбережет ее. Ибо какая польза человеку, если он приобретет весь мир, а душе своей повредит?» (От Марка, 8, 34—36).