Одновременно Макарий заботился об укреплении могущества и повышении престижа церкви. В 1547 и 1549 гг. под его руководством состоялись церковные соборы, на которых были рассмотрены вопросы кано­низации (причисления к «лику святых»), В свое время иерархи-византийцы, выполняя требования кон­стантинопольского патриархата, всячески препятство­вали распространению культов собственно русских святых. Так, например, месяцеслов Евангелия Семена Гордого, создателем которого, по-видимому, был митрополит Феогност, вообще не содержит «памятей» русских святых. К середине XVI в. признанием мит­рополичьей кафедры и общерусской известностью пользовалось лишь около десятка отечественных святых: князь Владимир Святославич, «креститель Руси», его сыновья Борис и Глеб, казненный в Орде в 1246 г. князь Михаил Черниговский, митрополиты Петр и Алексей, монахи Сергий   Радонежский, Варлаам Хутынский, Антоний и Феодосий Печерские и некоторые другие. В условиях феодальной раздроб­ленности многие святые чтились местно, без утвер­ждения высшими церковными инстанциями. Каждое княжество имело своих собственных «небесных за­ступников» и «чудотворцев».

Под руководством Макария была проделана ог­ромная работа по ревизии местных пантеонов свя­тых, отбору кандидатов в общерусский канонизаци-онный список, унификации старых и написанию новых житий. В результате на соборах 1547 и 1549 гг. было канонизировано 39 «новых русских чудотворцев». Среди них — «духовные отцы» иосифлян Пафнутий Боровский и Макарий Калязинский, большая группа новгородских святых, несколько учеников Сергия Ра­донежского, основателей новых монастырей.

Пополнение рядов отечественных святых не толь­ко увеличивало доходы монастырей и соборов, где хранились их останки, но также укрепляло престиж русской церкви внутри страны и среди других право­славных церквей.

На соборах 1547 и 1549 гг. были окончательно установлены необходимые предпосылки канонизации того или иного претендента: наличие жития и цер­ковного песнопения («канона») в его честь, достовер­ные свидетельства «чудес», совершенных кандидатом в святые, и, наконец, нетленность мощей. Последнее требование доставило особенно много хлопот жела­ющим иметь собственного святого. За исключением редких случаев естественной мумификации трупа, все остальные «нетленные мощи» на поверку оказывались более или менее ловкой подделкой.

В первой половине 1551 г. в Москве состоялся церковно-земский собор, в ходе которого высшее ду­ховенство во главе с Макарием вынуждено было дать ответы на целый ряд вопросов, поставленных Иваном IV. Содержание вопросов, как и сама идея созыва собора, было подсказано молодому царю его ближайшими советниками из числа нестяжателей. Виднейшим среди них был царский духовник благо­вещенский протопоп Сильвестр.

Вопросы царя «Стоглавому» собору ярко рисуют многие темные стороны тогдашней церковной жизни, указывают на наиболее распространенные пороки черного и белого духовенства. Приводим этот любо­пытный диалог царя с высшим духовенством в изло­жении известного русского историка прошлого сто­летия С. М. Соловьева .

«В 1551 г. на церковном соборе царь подал свя­тителям следующий список беспорядкам, для прекра­щения которых требовал их содействия: чтобы по церквам звонили и пели по уставу, чтобы поставле­ны были старосты поповские над всеми священни­ками; при отдаче антиминсов  продажа делается большая; иконы пишутся неприлично; чтобы при даче венечных знамен не было великой продажи христианству; божественные книги писцы пишут с неправильных переводов и, написав, не исправляют же; ученики учатся грамоте небрежно; у владык бо­яре, дьяки, тиуны, десятинники и недельщики  судят и управу чинят не прямо, а волочат и продают с ябедниками  вместе, а десятинники попов по селам продают без милости, дела сочиняют с ябед­никами, а женки и девки, с судьею по заговору, чер­нецов, попов и мирян обвиняют ложно в насилиях и позоре; в монастырях некоторые постригаются для покоя телесного, чтобы всегда бражничать; архи­мандриты и игумены некоторые службы божия, тра­пезы и братства не знают, покоят себя в келье с гостями, племянников своих помещают в монастыри и довольствуют их всем монастырским, также и по селам, в кельи женки и девки приходят, ребята мо­лодые по всем кельям живут, а братия бедная алчут и жаждут и ничем не упокоены; все богатство мона­стырское держат    власти с своими родственниками,

боярами, гостями, приятелями и друзьями; монахи и монахини по миру бродят, монахини живут в мир­ских просвирнях  , монахи у мирских церквей в попах живут; просвирни над просвирами приговаривают.