Для царя Бориса и его жены появление самозваного царевича стало полной неожиданностью. Своими врагами они считали русских бояр и зорко следили за их действиями. Некоторым наиболее знатным князьям, таким, как Ф. И. Мстиславский, В. И. Шуйский, И. М. Воротынский, даже запрещалось жениться, чтобы в будущем их потомки не стали оспаривать у Годуновых трон. Опасность же, как оказалось, пришла из соседней Польши.

Б. Ф. Годунов тут же повелел своим ищейкам выяснить, кто назвался именем давно умершего царского сына. Им был беглый чудовский монах Гришка Отрепьев. Это казалось совершенно невероятным, поэтому в Москву для допроса привезли из далекого северного монастыря мать настоящего царевича Дмитрия Марию – Марфу Нагую. Царь вместе с женой устроили ей настоящий допрос. Их интересовало, мог ли ее сын быть в живых. Хитрая царица инокиня, когда то утверждавшая, что царевич Дмитрий был убит подосланными Годуновым наемниками, на этот раз уклончиво сказала, что, возможно, царевич и спасся, поскольку во младенчестве мог быть подменен. Об этом ей якобы говорили какие то люди, ныне умершие.

От этих слов Мария Григорьевна буквально пришла в ярость и даже попыталась пламенем свечи выжечь бесстыжие глаза Марии – Марфы. Но муж остановил ее, не желая публичного скандала и усугубления и так уже сложной ситуации. На всякий случай он повелел отправить Марфу Нагую не в столь отдаленный монастырь и приставил к ней охранников. Но это уже было бесполезным. Самозванческая авантюра стала набирать обороты.

Осенью 1604 года небольшое войско Лжедмитрия вторглось на русскую территорию. Разбить его было под силу даже воеводам приграничных городов. Но они этого не сделали, а, наоборот, в массовом порядке стали переходить на сторону «прирожденного царского сына». Отправленное из Москвы войско в первой же битве под Новгородом Северским потерпело поражение. Это сделало «царевича Дмитрия» настолько популярным, что воеводы многих городов не только сами перешли на его сторону, но и стали арестовывать тех, кто хотел быть верным царю Борису. Положение несколько выправил присланный в войско В. И. Шуйский, который в январе 1605 года в битве при Добрыничах нанес самозванцу сокрушительный удар. Однако развить успех он не сумел. Более того, боясь измены в тылу, царское войско ушло с завоеванных позиций и надолго застряло в болотах у крепости Кромы.

Воеводы боялись сообщать в Москву о своих неудачах, и царь Борис перестал получать с фронтов достоверную информацию. 13 апреля, не выдержав напряженной ситуации, он скончался от апоплексического удара. Мария Григорьевна с детьми попала в очень тяжелое положение: около них не оказалось ни одного мудрого советчика, способного подсказать единственно верный ход. (Опытный политик Д. И. Годунов скончался на рубеже 1604–1605 годов.) Царевич Федор, которому к тому времени исполнилось 16 лет, должен был встать во главе войска и в решающей схватке с самозванцем доказать, что достоин царского трона больше, чем беглый монах и обманщик.

Сам Федор Борисович оказался неспособным на столь решительный и смелый шаг, ведь отец готовил его не к войнам, а к мирному управлению процветающей и покорной страной. Мария Григорьевна, как всякая любящая мать, не могла и подумать о том, чтобы ее сын вступил в схватку с безжалостным врагом. Она полагала, что под ее опекой и зашитой тот будет в безопасности.

Поэтому сразу после того, как царь Борис был горько оплакан и с пышностью похоронен в Архангельском соборе рядом с Иваном Грозным и Федором Ивановичем, официально объявили, что правителями страны становятся царица Мария Григорьевна и царевич Федор Борисович. Население обязали дать им присягу. Многие стали это делать, но совершенно неискренне, надеясь в скором времени переметнуться на сторону Дмитрия. Тут же поползли слухи, что царя Бориса настигла справедливая «Божья кара» за все его преступления.