Увидев своих убийц, Мария Григорьевна не стала сопротивляться и была задушена. Федор попытался отбиться от них, но силы были неравны. Пощадили только царевну Ксению, которая никакой угрозы для самозванца не могла представлять и даже, напротив, вызывала его интерес, поскольку слыла необычайной красавицей.

Москвичам, которые все время толпились у боярского дома Годуновых, убийцы сказали, что Мария Григорьевна и Федор сами опились ядом и умерли, откачать и спасти удалось только Ксению. Самоубийцы в то время считались большими грешниками, поэтому бывшую царицу и ее сына без всяких почестей похоронили в том же Варсонофиевском монастыре подле царя Бориса.

Так бесславно закончилось правление первого выборного царя, его жены и сына. Однако участь царевны Ксении оказалась еще более трагичной. Лжедмитрий, приехав в Москву и воцарившись на престоле, сделал ее своей наложницей. Большего позора для царской дочери представить себе было невозможно. Потом по требованию будущего тестя Юрия Мнишека он постриг ее под именем Ольга и отправил в маленький и бедный Белозерский монастырь. Свергнувший самозванца царь Василий Иванович Шуйский вспомнил о несчастной царевне и пригласил ее в Москву для перезахоронения останков ее родителей и брата в Троице Сергиев монастырь. Это было сделано не из уважения к Годуновым, а из за желания выставить Лжедмитрия жестоким тиранам.

На самом деле и Бориса Федоровича, и Марию Григорьевну, и Федора должны были похоронить в Архангельском соборе, царской усыпальнице. Но В. И. Шуйский в угоду сиюминутной конъюнктуре (для разоблачения свергнутого им Лжедмитрия) поддержал версию Марфы Нагой о том, что царевич Дмитрий был убит по приказу Б. Ф. Годунова. На самом деле в далеком 1591 году он, как глава следственной комиссии, пришел к выводу о том, что последний сын Ивана Грозного закололся сам во время припадка эпилепсии. Но этот официальный вывод он предпочел забыть и, обвинив Б. Ф. Годунова в цареубийстве, не признал его права на престол законными.

Царевне Ксении – Ольге пришлось смириться с обвинениями в адрес отца, ведь доказать его невиновность она не могла, ей лишь удалось добиться разрешения поселиться в Троице Сергиевом монастыре, чтобы находиться рядом с могилами родных. Там она надеялась наконец то обрести покой. Однако бурные события в стране разрушили ее планы. Летом 1608 года к Москве подошло войско второго самозванца, назвавшегося именем первого – «царя Дмитрия». В его составе было много польских шляхтичей и запорожских и донских казаков, желавших обогатиться за счет грабежей и разбоев. Для них богатый Троице Сергиев монастырь был желанной добычей.

В сентябре к стенам обители подошли полки под руководством Я. П. Сапеги и А. Лисовского. Они окружили ее со всех сторон и начали обстреливать из дальнобойных орудий. Взять штурмом высокие и крепкие каменные стены они не могли. С этого времени началась 16 месячная монастырская осада, во время которой Ксения – Ольга испытала немало бед и лишений. Не хватало топлива, продовольствия, одолевали самые различные болезни, в том числе и очень страшная – цинга. В марте 1609 года она даже написала прощальное письмо своей тетке Екатерине Григорьевне, жене Д. И. Шуйского. В нем были такие слова: «В своих бедах чуть жива, совсем больна вместе с другими старицами, и впереди ни одна из нас себе жизни не чает, с часу на час ожидаем смерти, потому что у них (у защитников монастыря. – Л. М.)  в осаде шатость и измена великая».

Но царевне удалось выжить и дождаться снятия осады войсками М. В. Скопина Шуйского в январе 1610 года. Оставаться в монастыре, ставшем братской могилой для более 3000 человек, она не могла и попросила разрешения переехать в Новодевичий монастырь, где когда то жили ее бабушка и тетя царица Ирина – Александра. Царь Василий Шуйский на радостях по случаю освобождения от Тушинского вора, Лжедмитрия II, препятствовать не стал, и вскоре Ксения – Ольга переехала в новую обитель.