Но Мария Григорьевна ничего этого не знала. Она надеялась, что щедрые раздачи поминок по умершему мужу остановят подданных от измены (за 6 недель было роздано 70 тысяч рублей), а коронация закрепит царский трон за ее сыном. Поэтому в Москву были отозваны главные военачальники, которым следовало принять участие в церемонии венчания Федора на царство. В итоге войско оказалось без таких опытных и не склонных к измене полководцев, как Ф. И. Мстиславский, В. И. Шуйский и его брат Дмитрий Иванович (свояк Марии Григорьевны).

Новыми назначениями в армии занялся С. Н. Годунов, более известный как главный царский наушник и сплетник. На лучшие должности он назначил своих родственников, особенно благоволя к зятю А. А. Телятевскому. Главнокомандующим должен был стать князь М. П. Катырев Ростовский, склонный к конфронтации с окружающими человек. Под стать ему был и другой военачальник, 3. И. Сабуров, состоявший в родстве с Годуновыми. В итоге в руководстве полков вспыхнули местнические споры, которые в Москве не смогли или не захотели разрешить. Там все были озабочены составлением чина венчания на царство Федора Борисовича и, казалось, совершенно забыли о грозном сопернике Лжедмитрии. Тот же. напротив, не дремал. Его сторонники по всей стране проводили умелую агитацию. Проникли они и в царское войско, ставшее совершенно недееспособным из за местничества и неопределенной ситуации в стране.

В итоге 7 мая 1605 года большая часть армии Годунова перешла на сторону Лжедмитрия и присягнула ему. Зашишать московских правителей стало некому.

Но даже в этой критической ситуации Мария Григорьевна с детьми могли бы спастись, если бы бежали за границу, например в Англию, куда нс раз хотел уехать Иван Грозный, в конце жизни уже опасавшийся своих подданных. У Б. Ф. Годунова с королевой Елизаветой были самые дружеские отношения, поэтому его семья могла рассчитывать при королевском дворе на защиту и помощь. Однако новые московские правители сочли, что кремлевские стены защитят их от любых врагов, и с места не сдвинулись. Они даже не усилили охрану Кремля и беспечно держали открытыми все ворота.

В итоге 1 июля москвичи, спровоцированные гонцами Лжедмитрия на восстание, без какого либо препятствия ворвались в царский дворец и свергли с престола и Марию Григорьевну, и ее сына. Всех Годуновых под конвоем отвели на старый боярский двор и стали ждать указаний из ставки самозванца.

А пока разграбили царские подвалы и кладовые, где были обнаружены большие запасы спиртных напитков. Во время погромов нашли восковую фигуру ангела, служившую для отливки золотой статуи. Упившаяся чернь почему то решила, что именно такая фигура была похоронена вместо царя Бориса, а сам он бежал за границу. Это послужило сигналом для осквернения его захоронения. Труп царя был выброшен из гробницы и под улюлюканье толпы оттащен в убогий Варсонофиевский монастырь на окраине города. На дороги были посланы конные отряды для поимки царя беглеца.

Обо всем этом с ужасом рассказывали Марии Григорьевне и ее детям слуги, испытывавшие сочувствие к пленникам. Естественно, такие вести повергли царицу в шок и заставили Ксению горько плакать. Становилось ясно, что в москвичей вселились бесы и ждать пощады от них было невозможно.

7 июня в Москву прибыли посланцы от «царевича Дмитрия» В. В. Голицын, В. М. Мосальский, Б. И. Сутупов и группа стрельцов. Им было приказано решить судьбу свергнутых правителей. Возможно, что у них не было приказа убивать пленников, но, желая выслужиться перед новым претендентом на корону, они вошли в дом Годуновых с одной целью – расправиться с царицей и царевичем, поскольку те имели законные права на престол.