После этого Ясинский, в отличие от многих покинувших страну остался в Вильно, пытаясь реорганизовать инженерный корпус. Известно, что он придерживался радикальных («якобинских») взглядов. Выступал за отмену крепостного права и восстановление Речи Посполитой в границах 1772 г. Однажды, отчаявшись из-за постоянно колеблющейся позиции беларуской шляхты, он эмоционально заявил, что страну нельзя спасти без того, чтобы не вырезать всей шляхты.

С осени Ясинский приступил к конспираторской деятельности, направленной против оккупантов. Подпольный штаб Ясинского находился в карточном салоне его адъютанта Ходкевича. К слову сказать, игра в карты серьезно помогала в пополнении кассы. Время от времени Ясинский занимался поэзией, впрочем, сам он достаточно скептически оценивал свои поэтические таланты. Тем не менее некоторые романтические песни Ясинского в свое время были очень популярны в Беларуси, а его произведения были изданы в 1869 г. в Варшаве.

В начале 1794 г. о подпольной деятельности Ясинского стало известно пророссийским властям. Полковник вынужден был покинуть Вильно и уехать в Вилькомирский повет, где его ожидали верные войска.

Кампания 1794 г. началась куда как более успешней для литвинов и поляков. Оккупанты терпели одно поражение за другим. В Польше весьма успешно действовал главнокомандующий войсками Речи Посполитой Тадеуш Костюшко, беларус в польском мундире генерала. Он нанес поражение Тормасову.

Кровавый раздел Праги

На территории ВКЛ, кроме Ясинского, действовали генералы Грабовский и Хлевинский. Впрочем, Ясинский воевал не только против оккупации беларуских земель царицей, но и активно выступал за отделение Беларуси от Польши. Первое сражение Ясинского под Неменчином закончилось поражением. 7 мая состоялось второе сражение — под Полянами, которое также было проиграно. Ясинский считал необходимым укреплять обороноспособность Вильно, однако новый комендант Вельгорский принял решение отвести войска в Лидский повет. Ничего не зная об этом решении коменданта, Ясинский дожидался его в лагере под Солами, где прежде было уговорено соединить войска. Потеряв много времени на безрезультатное ожидание, Ясинский с 4000 солдат предпринял отчаянную атаку на корпуса Зубова и Бенигсена (около 5000 солдат при 16 пушках). Сражение состоялось 26 июня под Солами и стало одним из самых кровопролитных на протяжении всей кампании.

Я. Ясинскому пришлось отступить, хотя и не нарушая боевого порядка своего войска. Во время отступления погиб брат Якуба капитан стрелков Юзеф. В полной депрессии из-за поражений и гибели брата Ясинский выехал в Варшаву. Еще 5 апреля 1794 г. жители Варшавы восстали, напав ранним утром на раздробленные отряды 8-тысячного оккупационного гарнизона. 2200 русских солдат погибли на улицах города, сам генерал Игельстром в чужой одежде был вывезен любовницей, графиней Залусской. Руководство русскими отрядами в Польше было поручено князю Репнину. На фельдмаршала Румянцева Екатерина II возложила оборону всего пограничного края от Минской губернии до Турции в случае враждебных вылазок с польской стороны, а также содействие Репнину в его наступательных действиях. Румянцев отправил Суворова с отрядом с тем, чтобы занять Брест и оборонять линию по реке Буг.

17 июля Ясинский принял командование над нарвенским фронтом. Для пополнения войска он направился в Брест, оттуда в Бельск, как раз в это время, во второй половине августа, его достигло известие о падении Вильно.

По прибытии в Гродно Костюшко наградил Ясинского перстнем с надписью: «Родина своему защитнику» и передал под его командование одну из литвинских дивизий.