Вначале, в какой-то момент истории была армия без страны. Потом — страна без армии. А теперь у страны появлялась армия. В Красную армию Наумов вступил в 1918 году, 23 февраля. Ему поручили формировать сабельный эскадрон, который тут же был зачислен в состав 2-го партизанского Псковского кавалерийского отряда. Молодая армия нуждалась в кадрах. Начальство сразу заметило, что новый комэск «умеет командовать», и назначило Наумова командиром отряда. Отряд Наумова первое боевое крещение получил в дни подавления эсэровско-меньшевистского мятежа в Великих Луках. Наступила эпоха классовой борьбы. И если обе революции миновали прапорщика и хорунжего Наумова, то командира отряда и военного коменданта, а затем командира роты, адъютанта полка, командира батальона вихри и ураганы классовых противоречий захватили и протащили по всем кулигам.

В конце 1918 года Наумов принял командование 3-м Псковским стрелковым полком. Полк был выведен и развёрнут на линии демаркации. По ту сторону были немцы. Вскоре началось медленное движение войск Красной армии на запад. Немцы уходили из западных областей Белоруссии и Литвы. Но вскоре движение их замедлилось. Начались стычки патрулей обеих армий. Обстановку осложнили польские легионеры, белогвардейские и литовские отряды, которые начали подходить к демаркационной линии с запада. Поляки захватили Вильно, повели наступление дальше. Начались полномасштабные бои. В одном из них под комполка Наумовым убили лошадь, а сам он был контужен. Затем был госпиталь в Великих Луках.

В августе 1919 года Наумов прибыл в 11-ю Петроградскую дивизию, находившуюся в районе Пскова. Здесь он командовал эскадроном, батальоном. В декабре батальон был отправлен на фронт под Полоцк, где вошёл в 53-ю стрелковую дивизию. (Судьба сведёт с этой дивизией ровно через 23 года под Малоярославцем.)

В апреле 1920 года начался поход на Вислу. Группировкой Красной армии командовал М. Н. Тухачевский. Сводный батальон Наумова наступал в боевых порядках 4-й армии. В августе польская армия под командованием Ю. Пилсудского контратаковала наши войска и отрезала 4-ю армию, а затем вытеснила её в Восточную Пруссию.

Батальон Наумова, как и все войска Красной армии, оказавшиеся на германской территории, был интернирован и вначале направлен в Йоханнесбург, затем в лагерь Зольтау Ганноверской провинции. В декабре 1920 года Наумов бежал из лагеря, добрался до Берлина и явился в советское представительство. В представительстве работала комиссия по эвакуации бывших военнопленных, захваченных германскими войсками ещё во время боёв в Галиции и в Августовских лесах. Его сразу же включили в очередную группу военнопленных, предназначенных к отправке в Советскую Россию. Отправляли из Штеттина пароходом по Балтийскому морю. 20 декабря 1920 года Наумов уже был в Москве в штабе Московского военного округа. Его приняли на учёт. Обнаружилось, что потеряны оба представления к орденам Красного Знамени, впоследствии он несколько разделал запросы, но документы будто в воду канули.

Спустя два месяца он был уже в Ферганской долине. В должности помощника начальника штаба 3-й отдельной бригады войск ВЧК он принимал участие в ликвидации банд басмачей в горах Табарах. Служил на штабных и командных должностях по линии ВЧК и ГПУ, планировал операции, носился на коне с казацкой шашкой наголо. Гражданская война в Средней Азии продолжалась до 1932 года. Басмачи-моджахеды прятались в горах и глухих селениях, совершали налёты на советские учреждения, грабили караваны, убивали совпартслужащих.

В 1923 году Наумов был зачислен слушателем Высшей военной школы востоковедения РККА в Ташкенте — иранское отделение.