Великий инквизитор родился в 1420 году в небольшом городке Старой Кастилии Торквемада, по другим сведениям – в Вальядолиле или Сеговии. Его отец, сеньор Петр – Фердинанд, дал сыну прекрасное образование, наградив при этом острым умом и страстным, но неровным характером. Томас много путешествовал по Испании, слушал лекции в университетах Саламанки и Толедо. В Кордове он влюбился в красавицу испанку, но она вышла замуж за мавра и уехала в Гренаду.

Торквемада решил съездить в Рим, в Ватикан, и через Сарагосу направился в Барселону. В Сарагосе шли диспуты монахов доминиканского ордена о чистоте веры и Томас, изучавший теологию, вступил в спор с доминиканским приором Лопесом из Серверы. Торквемада был умен, знающ и красноречив, и Лопес тут же пригласил его в свой орден святого Доминика.

Торквемада принял монашеский постриг и с ревностью исполнял обеты и суровый устав. Он проповедовал, утешал богомольцев, лечил их душевные раны, обличал ересь, искал явных и тайных врагов церкви. Ему предложили звание доктора богословия и высокие посты в духовной иерархии, но он отказался. В 1459 году он согласился стать приором в монастыре святого Креста в Сеговии. В этот монастырь совершали паломничества представители высшего общества Кастилии, часто приезжала королева с детьми. Инфанте Изабелле был нужен духовник и приору монастыря святого Креста доверили эту обязанность. Вскоре религиозная принцесса полностью доверяла Томасу Торквемаде.

Король Кастилии и брат Изабеллы Генрих IV, не любимый духовенством, был низложен. Корону получил его брат Альфонс, но после его скорой смерти, ее вернули Генриху Бессильному, с условием, что наследницей трона становится его сестра Изабелла. Ее духовник активно участвовал в провозглашении Изабеллы наследницей Кастилии.

С семилетнего возраста Изабелла считалась невестой Фердинанда, принца Арагонского. Многие представители испанской элиты мечтали об объединении Кастилии и Арагона в единое испанское королевство. Генрих IV Бессильный попытался выдать Изабеллу за короля Португалии, но у него почему-то ничего не получилось. Торквемада ловко разрушил королевские планы. 19 октября 1469 года в тайне от Генриха IV Изабелла в сопровождении духовника отправилась в Вальядолид, где обвенчалась с тайно прибывшим туда в костюме слуги Фердинандом Арагонским.

Генрих Бессильный объявил Изабеллу лишенной престола, но над ним только посмеялись. После его смерти в 1475 году Изабелла стала королевой Кастилии и Леона. Тот же титул был дан ее мужу Фердинанду V. Два самых больших королевства Испании соединились в единое политическое целое.

Торквемаде предложили стать архиепископом Севильи, но он отказался. Историк XIX века писал: «Этот лев религии убедил королей, что испорченность нравов и свободомыслие с каждым днем возрастают, что соседство христиан с евреями и маврами вредит благочестию народа. Он убеждал их в необходимости произвести тщательное расследование заблуждений того времени и возвратить престиж религиозной дисциплине». Торквемада стал во главе инквизиционного трибунала, Сант-Оффицио, и передал его из рук папы в руки испанской короны. После длительных переговоров между папской курией и королевской властью буллой Сикста IV 1 ноября 1478 года в Испании была учреждена инквизиция, отличная от других в Западной Европе.

Первые инквизиционные трибуналы появились в Испании в 1232 году. Инквизиторы вызывали недовольство и озлобление у населения, и народ перебил их.