Томас Торквемада составил инквизиторский кодекс и процедуру инквизиторского суда, разработал организационную структуру органов инквизиции. Был создан центральный инквизиционный совет, Consejo de la suprema и десять местных трибуналов. В 1484 году Торквемада собрал в Севилье общий съезд всех членов испанских инквизиционных трибуналов, на котором были приняты десятки постановлений, регламентировавших инквизиционный процесс. Постановления определяли устройство трибуналов, «отсрочку милосердия» для желающих сознаться и обратиться, публикации приговоров против еретиков и отступников, устанавливали инквизиторскую иерархию, расписывали все случаи, которые могли возникнуть во время инквизиционного процесса. Кто сознавался, тот мог рассчитывать на помилование, но только если называл других еретиков. Любые должности и право ношения серебра, золота, драгоценностей, шелковых тканей обращенным еретикам запрещались. Добровольное покаяние не избавляло от денежного штрафа, а покаявшихся еретиков уже после срока милосердия – от конфискации имущества со дня впадения в ересь. Конфисковывали имущество жен и детей, как наследство от еретика. Если упорный еретик сознавался после долгого сидения в тюрьме перед костром, его осуждали на вечное заключение. Отрицавших обвинения еретиков пытали. Инквизиционный процесс мог возбуждаться против умерших еретиков. Кости их выкапывались и сжигались, а имущество у наследников отбиралось. Жалованье инквизиторы получали от продажи конфискованного. «Руководство для инквизиторов» говорило: «Сострадание к наследникам виновного, которых конфискацией доводят до нищеты, не должно смягчить этой строгости, так как, по божеским и человеческим законам, дети наказываются за грехи отцов».

Действия инквизиционных трибуналов облекалась строгой таинственностью. Целая система шпионажа и доносительства опутывала Испанию страшной сетью. Как только заподозренный или обвиненный привлекался к суду инквизиции, начинался предварительный допрос, результаты которого представлялись трибуналу, который обычно объявлял дело подлежащим своей юрисдикции. Доносчики и свидетели снова допрашивались. Их показания и улики передавались доминиканским богословам – квалификаторам святой инквизиции. Как только квалификаторы высказывались против обвиняемого, его тут же отводили в секретную тюрьму. Между узником и внешним миром прекращалась всякая связь. На следующих трех допросах инквизиторы, не объявляя обвиняемому пунктов обвинения, старались запутать его в ответах и хитростью получить у него признание в возводимых на него преступлениях. Если он признавался, то ставился в разряд раскаивавшихся и мог рассчитывать на снисхождение суда. В случае упорного отрицания вины, обвиняемого вводили в камеру пыток и вымогали у него признание с помощью ужасных мучений и пыток, свидетельствующих о необычайной жестокости и изобретательности инквизиторов. После пыток едва живую жертву вели на допрос и знакомили с обвинениями, на которые требовали ответа. Обвиняемому от обвинителей представлялся защитник. После процесса, который мог продолжаться несколько месяцев, квалификаторы давали свое окончательное заключение по делу, обычно не в пользу обвиняемого. Затем объявлялся приговор, на который можно было подавать аппеляцию в верховный инквизиционный трибунал или римскому папе. Инквизиция никогда не отменяла своих приговоров, а послать человека в Рим у ограбленной жертвы не было денег. В редких случаях из Ватикана отменяли приговор и узника освобождали, но без компенсации за испытанные муки, унижения и убытки. Во всех остальных случаях жертву ждало ауто-да-фе. Мотивом преступления становились религиозный фанатизм, корыстолюбие, личная место инквизиторов, от которых не могли спасти ни высокое положение, ни слава ученого и художника, ни безупречно – нравственная жизнь.