Испанские власти, получавшие треть из конфискованного имущества, не возражали против деятельности инквизиции. За чрезвычайную жестокость доведенные до отчаяния жители Арагона в октябре 1485 года зарезали главного инквизитора Петра Арбуэ. Тут же сарагосские тюрьмы были переполнены узниками, виновными только в критике инквизиции. С трудом, в течение многих лет инквизиция огнем и мечом подавила волнения народа в Сарагоссе, Толедо, Теруэле, Валенсии, Лериде, Барселоне, на островах Майорке и Минорке. Томас Торквемада совершенствовал и совершенствовал инквизиционный процесс. Все жители Испании от мала до велика по первому звону колоколов спешили на богослужения. Общались между собой только близкие друзья. Все боялись друг друга, родители – детей, хозяева – слуг, бедные и невежественные с удовольствием доносили на богатых. В инквизицию бежали разные темные личности и ничтожества, сводя давнишние счеты с соседями, выплескивая затаенные недовольства и злобу. Инквизиторы с охотой выслушивали доносчиков и заносили все сказанное в учетные книги. Многие доносили потому, что недонесение было объявлено таким же тяжким преступлением, как и ересь. Обвиненных ждала мрачная и сырая монастырская камера в пять шагов длины и четыре ширины, половину которой занимала постель с грязной, сгнившей соломой и маленькое окошко. В этой камере находились шесть узников, мужчины не отделялись от женщин. Жалобы не разрешались. Если в камере поднимался шум, всех выгоняли в коридор и избивали. Женщинам обещали свободу и удовлетворяли свою похоть. У богатых вымогали деньги. Всякое милосердие к узнику объявлялось соучастием в преступлении. Большинство жертв быстро теряли здоровье и перед судом инквизиции представали живые мертвецы. Только полное признание справедливости обвинении могло уменьшить наказание подсудимого и к этому прибегали часто, чтобы избежать ужасов полного следствия.

Одну и ту же пытку запрещалось применять более часа. Узника долго пытали на дыбе. Вторым испытанием была вода. Жертву клали на стол в форме корыта, покрытый гвоздями остриями сверху, крепко связывали веревками, закрывали нос и рот мокрой тряпкой и медленно лили на нее воду. Жертва захлебывалась, у нее из носа, рта и ушей шла кровь. Третьей пыткой был огонь. Ноги узника вгоняли в колодки, смазывали подошвы маслом и придвигали к огню. Кожа трескалась, кровь текла, кости обнажались. При этой пытке заключенные часто умирали. Многие любыми способами кончали жизнь самоубийством. Остальные пытки авторы не будут описывать. Они ужасны. Несмотря ни на что, даже пройдя все эти муки ада, находились люди, не подписывавшие ложное признание в ереси. Их было немало.

Преследованиям подвергались люди, ненавистные инквизиторам, или имевшие сильных покровителей. Сильные мира сего ускользали от трибунала, даже если их настоящие преступления были известны всей Испании. Инквизиторы поделили всех испанцев на легко – подозрительных, levi, сильно – подозрительных, vehementi, обращенных, reconciliati, упорных, obstinati, и оправданных. Впрочем, оправданные тоже считались подозрительными. Горе было оправданным, если они опять попадали в руки инквизиции. Их тут же называли рецидивистами, relaps, и им не было пощады.

Ауто-да-фе давали общие и частные. Частные совершались насколько раз в год, во время постов. Общие ауто-да-фе происходили по случаям важных событий в государственной жизни, восшествия на престол нового короля, рождения наследника.

За месяц до события члены трибунала со знаменем впереди отправлялись на главную площадь и объявляли народу о дне ауто-да-фе. Герольды инквизиции под звуки труб и барабанов объявляли дату по всем улицам и площадям города. На площади против королевского балкона возводился помост в двадцать шагов. У балкона строили трибуны, покрытые коврами, с балдахином на верхней ступени для великого инквизитора. В середине помоста устанавливали меньший помост с двумя рядами деревянных клеток, куда вводили узников на время чтения приговора.