Однако очень скоро оказалось, что жители других городов не захотели признавать Василия Шуйского законным царем. Более того, в северских городах прошел слух, что «царь Дмитрий» спасся, живет в Польше и вновь собирает войско для борьбы с узурпатором. Все это делало власть нового царя Василия очень непрочной, поэтому без помощи Марфы он уже не мог обойтись. Вновь инокине пришлось сесть с дьяками за написание грамот в мятежные города. Наибольшую опасность представлял Елец, где были собраны большие запасы оружия для похода на Азов. Туда и было направлено послание Марфы. В нем она попыталась объяснить, почему самозванец смог воцариться: «Он ведовством и чернокнижеством назвал себя сыном царя Ивана Васильевича. Омрачением бесовским прельстил в Польше и Литве многих людей. И нас самих, и родственников наших устрашил смертью. Я боярам, и дворянам, и всем людям объявила об этом прежде тайно. А теперь всем явно говорю, что он не сын наш, царевич Дмитрий, а вор, богоотступник и еретик». Для большей убедительности грамоту Марфы повез ее брат Михаил Нагой. Но ельчане не поверили изолгавшейся царице, решив, что на этот раз она выполняет волю царя узурпатора. Движение против Шуйского начинало разрастаться.

В этой ситуации хитроумный царь Василий решил использовать новый козырь – останки настоящего царевича Дмитрия. С согласия Марфы в Углич были отправлены представители духовенства во главе с ростовским митрополитом Филаретом, бывшим опальным боярином Ф. Н. Романовым, которого Лжедмитрий вызволил из Антониево Сийского монастыря и возвысил. Они вскрыли гробницу царевича в Преображенском соборе и обнаружили, что его мощи не истлели, сохранились даже одежда и обувь. Это было наглядным свидетельством его святости. Члены духовной комиссии с умилением написали царю, что сохранились даже орешки, которыми ребенок якобы играл перед смертью.

На самом деле и Марфе, и Василию Шуйскому было хорошо известно, чем играл Дмитрий перед гибелью, но об этом простым людям не следовало знать. Для них царевич должен был иметь образ невинной жертвы кровавых убийц, подосланных Борисом Годуновым. В угоду политической конъюнктуре царь Василий решил забыть о выводах Угличской следственной комиссии, которую когда то сам возглавлял, и принял версию смерти Дмитрия, выдвинутую Марфой еще в 1591 году.

В начале июня было организовано торжественное перенесение мощей царевича Дмитрия из Углича в Москву. Встречать мощи святого вышли все: царь Василий, Марфа, московское духовенство, знать и тысячи горожан. Священники и монахи несли иконы, кресты и хоругви. Главная церемония состоялась за городом. Мощи Дмитрия были привезены на богато украшенной повозке. Марфе было позволено подойти к ней и посмотреть на то, что было когда то ее ненаглядным ребенком. От нее требовалось публичное опознание останков. Вместе с царем Василием она послушно воскликнула: «Днесь зрим мы истинного юного Дмитрия, убиенного в Угличе, и Божие провидение сохранило его столь же свежим, как если бы его только сейчас положили в гроб». После этого все присутствующие стали славить и благодарить Бога за его милость и дарование людям необычайного чуда и нового святого. Однако некоторые современники усомнились в том, что тело царевича могло столь хорошо сохраниться в течение 15 лет. Они даже предположили, что вместо истлевшего Дмитрия на всеобщее обозрение был выставлен труп какого то недавно умершего мальчика. Возможно, так оно и было, поскольку привыкшие лгать Василий и Марфа легко шли на любой обман. Тело святого с почетом отвезли в Архангельский собор и установили на особом помосте. Но приближаться к нему разрешалось далеко не всем. Считалось, что маловерующие могут осквернить его своим прикосновением. Только под присмотром священника болящим позволялось прикоснуться к раке святого и получить исцеление.

Наконец то Марфа смогла успокоиться. Теперь ее как мать святого уже никто не осмелится тронуть. Действительно, царь Василий оставил ее в покое и больше не просил сочинять грамоты в разные города.