Относительное затишье в стране было недолгим. Уже осенью к стенам Москвы подошли войска под предводительством Ивана Болотникова, которые хотели скинуть узурпатора Шуйского и вновь посадить на престол якобы спасшегося «царя Дмитрия». На этот раз Марфа решила не рисковать и не поддержала новую самозванческую авантюру. К тому же теперь ей вряд ли кто нибудь поверил бы. Она даже посоветовала родственникам возглавить царские полки и сразиться с новыми мятежниками. Те так и сделали и успешно громили болотниковцев под Калугой и Тулой. После взятия в плен Болотникова и «царевича Петрушу», явного самозванца, назвавшегося сыном царя Федора Ивановича, М. Ф. Нагой был оставлен воеводой Тулы.

Даже когда в Тушино расположилось большое войско Лжедмитрия II, выдававшего себя за первого самозванца, Марфа не изменила царю Василию и не стала вступать в тайные сношения с его соперником. Она осознала, что политические игры для нее становятся слишком опасными, однако коварный Шуйский не захотел быть благодарным. Испытывая материальные затруднения, он конфисковал у Марфы последние ценные украшения, которые подарил ей еще Иван Грозный. Естественно, что все это возмутило бывшую царицу, но защитить ее интересы было некому.

Ни драгоценности Марфы, ни поборы с церквей и монастырей не помогли царю Василию сохранить власть. К лету 1610 года всеобщее негодование достигло предела, и он был скинут с престола. Власть в свои руки взяла Боярская дума, в которую входили и родственники Марфы. Главой «Семибоярщины» стал Ф. И. Мстиславский, которого Нагие когда то прочили в цари, поэтому перемены в Кремле не затронули Вознесенскую монахиню. Она осталась жить в своих палатах, правда, уже на более скудном пайке. Ведь теперь она уже никого не интересовала.

На московский трон решили пригласить польского королевича Владислава, не имевшего отношения к прежней династии, а значит, и к царевичу Дмитрию. Ему не нужны были ни разоблачения самозванцев, ни новые святые чудотворцы. За его спиной стоял католик – польский король Сигизмунд III. Все это прекрасно понимали и, желая получить новые чины, должности, пожалования и т. д., стали забрасывать польского монарха челобитными с различными просьбами. Не осталась в стороне и Марфа. Она написала королю об обидах, которые нанес ей Василий Шуйский: ограбил, отнял то, чем пожаловал ее великий князь Иван Васильевич, кормил от двора скудной пищей, прислуге ее ни денежного жалованья, ни хлеба не давал. В итоге она во всем обнищала и оказалась в больших долгах. Инокиня слезно просила Сигизмунда определить ей и ее людям средства на традиционное для государевых вдов содержание.

Следует отметить, что и в этом послании Марфа слукавила. Ведь подаренные ей царем Иваном Грозным дорогие вещи были конфискованы еще в 1591 году, когда ее постригли и отправили в ссылку, Василий Шуйский отобрал у нее многочисленные подарки Лжедмитрия, который ничего не жалел для своей мнимой матери, и некоторые безделушки, оставшиеся от мужа.

Неизвестно, получила ли Марфа от короля ответ и улучшила ли с его помощью свое положение. Очень скоро боярское правительство вместе с польским гарнизоном оказалось на осадном положении. Москву окружили войска сначала Первого, а потом и Второго ополчения. В Кремле начался голод. В качестве пищи использовались трава, коренья, кошки, собаки и даже засоленные в чанах трупы людей. В этой ситуации вряд ли кто нибудь заботился об одинокой царице монахине и делился с ней своими скудными запасами. Не перенеся длительного голодания, Марфа скончалась в июле 1611 года, не узнав ни о победе ополченцев, ни об избрании нового царя – Михаила Романова.