Слишком рьяное участие Филарета в деле прославления нового святого, видимо, показалось Василию Шуйскому подозрительным. Предполагаемый патриарх мог оказаться более заметной фигурой, чем сам царь. Поэтому ростовский митрополит остался без награды и был вынужден вновь отправиться ни с чем в свою епархию. Марфа поселилась с детьми и начала самостоятельно заниматься их воспитанием и образованием.

Татьяна вскоре превратилась в красивую девушку с хорошим приданым. На примете было сразу несколько женихов. Решили выбрать самого знатного. Им стал молодой князь Иван Михайлович Катырев Ростовский, принадлежащий к одной из наиболее заметных ветвей Рюриковичей. Его отец Михаил Петрович был видным полководцем и боярином в правление Бориса Годунова.

Свадьбу сыграли поздней осенью 1607 года, после того как царь Василий с триумфом вернулся из под Тулы, разгромив Болотникова и Петрушу. В числе приглашенных была почти вся московская знать. Гуляли весело и широко, поскольку многие, особенно Марфа с Филаретом и их многочисленные родственники, хотели забыть прежние невзгоды. Каждый надеялся, что все плохое уже позади. Но эти надежды были напрасными. Смута еще только разгоралась.

Вскоре оказалось, что родство с ростовскими князьями приблизило Романовых прямо к царскому престолу. В начале 1608 года царь женился на Екатерине Марии Буйносовой Ростовской. Марфа с дочерью сразу же подружились с новой царицей и вошли в ее ближайшее окружение. Вместе ездили на богомолье, посылали подарки в тюрьмы и богадельни. После опалы Марфа прониклась особым сочувствием к несчастным узникам и по церковным праздникам посылала в темницы деньги, калачи, ненужную одежду и недорогие ткани. Михаил подрастал и по просьбе матери вскоре получил от царя чин стольника. Во время царских пиров ему следовало прислуживать за столом. Должность была необременительной и полезной, поскольку позволяла часто находиться около царской особы, т. е. на виду.

Увы, но и эта короткая мирная жизнь закончилась. Летом 1608 года к столице подошло войско Лжедмитрия II и расположилась в Тушино. В стране образовалось двоевластие, разделившее всех людей на две части. Марфа с Михаилом и большинством родственников оказалась в осажденной столице, Филарет – в Ростове. Осенью 1608 года на его город напали тушинцы, разорили митрополичью резиденцию и самого Филарета захватили в плен. На простой телеге в старой, рваной одежде его отвезли как пленника в Тушино. Но там он был неожиданно обласкан «цариком». Новый самозванец пытался хотя бы в глазах жителей отдаленных городов выглядеть законным правителем, поэтому нуждался в поддержке таких знатных и хорошо известных людей, как Филарет.

Пленника одели в красивую одежду, приставили к нему слуг и нарекли «патриархом всея Руси». Следует отметить, что в Москве был другой патриарх – Гермоген, официально поставленный русским духовенством. Филарет такого статуса не имел, но вынужден был рассылать от своего имени грамоты в подчинявшиеся Тушинскому вору города. Получалось, что официально он являлся главным сподвижником Лжедмитрия II. Марфа, как могла, пыталась реабилитировать бывшего мужа в глазах царя Василия. Она всячески убеждала его в том, что Филарет взят в Тушино насильно и находится там на положении пленника, правда, подписанные им грамоты убеждали в обратном.

Все оставшееся правление Шуйского у Романовых сохранялось двойственное положение. Оно усугубилось еще тем, что зять И. М. Катырев попытался было сбежать в Тушино, но был схвачен и отправлен в Сибирь. Только благодаря Марфе новые правительственные репрессии не коснулись всех. Более того, когда Тушинский лагерь окончательно распался и входившие в него поляки повезли Филарета под Смоленск к королю Сигизмунду, царь Василий направил войска в Иосифо Волоколамский монастырь с приказом отбить вольного или невольного пленника. Патриарх Гермоген даже направил к нему грамоту со своим прощением за то, что ростовский митрополит самовольно носил его чин.